Não foi possível enviar o arquivo. Será algum problema com as permissões?
Diferenças
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dicas:ccad [2010/07/22 19:16] paulojus |
dicas:ccad [2011/10/07 11:32] (atual) paulojus |
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| Linha 20: | Linha 20: | ||
| * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. | * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. | ||
| * o acesso deve ser feito sempre à servidora ''ccad.ufpr.br'' | * o acesso deve ser feito sempre à servidora ''ccad.ufpr.br'' | ||
| - | * a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando ''rlogin'' (mais detalhes abaixo) | ||
| * O acesso à servidora ''ccad.ufpr.br'' pode ser feito por ''ssh'' (inclusive gráfico com ''ssh -X'') via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<code> | * O acesso à servidora ''ccad.ufpr.br'' pode ser feito por ''ssh'' (inclusive gráfico com ''ssh -X'') via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<code> | ||
| $ ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</code> | $ ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</code> | ||
| Linha 79: | Linha 78: | ||
| #PBS -m ae | #PBS -m ae | ||
| #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br | #PBS -M paulojus@leg.ufpr.br | ||
| + | #PBS -l walltime=6:00:00 | ||
| cd $PBS_O_WORKDIR | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
| Linha 85: | Linha 85: | ||
| ccad:~> qsub run.sh </code> | ccad:~> qsub run.sh </code> | ||
| - Monitorar o progresso com<code> | - Monitorar o progresso com<code> | ||
| - | ccad:~> qstat run.sh</code> | + | ccad:~> qstat </code> |
| - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R<code> | - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R<code> | ||
| ccad:~> tail -f seu_programa.Rout | ccad:~> tail -f seu_programa.Rout | ||
| Linha 95: | Linha 95: | ||
| O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http://www.ccad.ufpr.br/wiki/index.php/Submiss%C3%A3o|submissão e controle de processos em sua página]].\\ | O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http://www.ccad.ufpr.br/wiki/index.php/Submiss%C3%A3o|submissão e controle de processos em sua página]].\\ | ||
| Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!! | Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!! | ||
| + | |||
| + | === Tempo de processamento === | ||
| + | |||
| + | Por //default// o CCAD interrompe os processos após uma (1) hora de processamento. | ||
| + | No exemplo de arquivo ''run.sh'' acima já modificamos | ||
| + | este tempo, para seis (6) horas, incluindo no seu arquivo: | ||
| + | #PBS -l walltime=6:00:00 | ||
| + | Ajuste este tempo de acordo com a sua necessidade. | ||
| === Pacotes do R === | === Pacotes do R === | ||
| - | Pacotes adicionais podem ser instlados em sua conta se desejado. | + | Pacotes adicionais podem ser instalados em sua conta se desejado. |
| Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. | Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ. | ||
| O módulo do R (''mod_R'') faz este direcionamento. | O módulo do R (''mod_R'') faz este direcionamento. | ||
