software:art:scripts:scriptgm-pj

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Diferenças

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--- software:art:scripts:scriptgm-pj [2007/11/16 19:26]
paulojus
+++ software:art:scripts:scriptgm-pj [2007/11/18 23:11] (atual)
paulojus
@@ Linha 1: / Linha 1: @@
-Script by PJ on 16/11/2007
+Script by PJ on 18/11/2007 (23:00 BRT)
 <code R>
 ##
 ## Importação dos dados de arquivos
@@ Linha 9: / Linha 8: @@
 ##    - poligonos com municípios do Paraná
 ##
 ## carregando os pacotes que serão usados (aRT)
 require(aRT)
@@ Linha 19: / Linha 17: @@
 ##Apagar banco já existente
 if(any(showDbs(con)=="geomedicina")) deleteDb(con, "geomedicina", force=T)
 ##Criando um novo banco
 db=createDb(con, "geomedicina")
 db
 ## string definindo a projeção
 proj="+proj=latlong +ellps=GRS67 +towgs84=-66.8700,-4.3700,-38.5200"
 ##
 ## Layer 1: municípios
@@ Linha 36: / Linha 31: @@
 ##Adicionar ao BD o contorno do Paraná disponível em shapefile (fonte: IBGE)
 addShape(l.pr, tab="Parana", file="parana_pol.shp", id="CODIGO", length=10)
 ## verificando status do banco e layer
 db
@@ Linha 73: / Linha 67: @@
 ## Lendo atributos dos poligonos (munícipios) de outra fonte (DATASUS)
 ## (serão necessárias operações para compatibilizar com dados do IBGE)
 figado <- read.csv("cancerfigadopop2005.csv")
 head(figado)
@@ Linha 83: / Linha 76: @@
 ## um município trocou o nome.....
-## fix (temporário até obter mapa atualizado do IBGE)
+## fix (temporário até obter mapa atualizado do IBGE.... se tiver...
+## no site do IBGE consta Alto Paraíso -- o nome atual--, mas no arquivo apra download ainda está
+## Alta Vista, mesmo para 2005)
 ## para arquivo do IBGE (Vila Alta == Alto Paraíso)
@@ Linha 89: / Linha 84: @@
 figado[figado$municipio == "Alto Paraíso", "municipio"] <- "Vila Alta"
+## verificando igualdade entre nomes de Municípios
 all.equal(municDt$NOME,figado$municipio)
 ##estão em ordem diferente...
@@ Linha 106: / Linha 102: @@
 ## checando e corrigindo **CODIGOS** dos municípios:
-## código do IBGE tem 1 campo a mais que o do DATASUS
+## código do IBGE tem 1 dígito a mais que o do DATASUS ...
+## vamos extrair do IBGE e anexar ao do DATASUS
 figado$id <- as.character(figado$id)
-cbind(figado$id, municDt$CODIGO)
+head(cbind(figado$id, municDt$CODIGO))
 figado$id <- paste(figado$id,substr(municDt$CODIGO, 7, 7),sep="")
 all.equal(municDt$CODIGO,figado$id)
+##
-## Q: suponha agora que eu tenha varios atributos no R, provenientes de outra
+## Adicionando atributos de outra fonte de dados aos polígonos
-##    fonte e associados aos polígonos como acima.
+##
-##    Qual a melhor maneira de adicionar à tabela já existente (Paraná)?
-##    (tem que ser coluna a coluna com updatecolumns ou melhor abrir outra tabela ?
 ## No exemplo abaixo quero adicionar o data frame "figado" ao banco
@@ Linha 125: / Linha 120: @@
 #> getID(municTab)
 #Erro em getID(municTab) : Not implemented yet
 ## 1. adicionando à tabela já existente:
-## (o que tentei a seguir nao funcionou, tem que ser coluna a coluna...???)
+## 1.1 Adicionar/atualizar todas as colunas de uma só vez: updateColumns()
+## Erros aconteciam abaixo qdo usava-se o nome errado da variável id:
-## 1.1 tentando adcionar todas as colunas de uma só vez:
+## a msg poderia ser informativa?
+## msg de erro era:
+## Erro em if (poskey != 1) { : argumento tem comprimento zero
-## CODIGO foi usado como ID para munic no addShape() portanto uando aqui tb para figado
 all.equal(municDt$CODIGO,figado$id)
 municTab
-updateColumns(municTab, figado) ## nao funcionou mas pelo vignette aRTtable deveria...
+names(figado)
-## Erro em if (poskey != 1) { : argumento tem comprimento zero
+## note que para updateColumns() a doc diz que o id deve estar na primeira coluna do data-frame!
+## o ID deve ter o mesmo nome da tabela original (CODIGO neste exemplo)
+## CODIGO foi usado como ID para munic no addShape() portanto usando aqui tb para figado
+names(figado)[1] <- "CODIGO"
+updateColumns(municTab, figado)
-## 1.2 adicionando as colunas uma a uma... (arrrgh)
+## 1.2 alternativa adicionando as colunas uma a uma...
-names(figado)
+## note que o ID dev e ser chamado de CODIGO que foi definido anteriormente
-for(cc in names(figado)[3:4]){
+#names(figado)
-  tmp <- data.frame(id=figado$id, data = figado[,cc])
+#for(cc in names(figado)[3:4]){
-  names(tmp)[2] <- cc
+#  tmp <- data.frame(CODIGO=figado$id, data = figado[,cc])
-  print(head(tmp))
+#  names(tmp)[2] <- cc
-  createColumn(municTab, cc, type="int")
+#  print(head(tmp))
-  updateColumns(municTab, tmp)
+#  createColumn(municTab, cc, type="int")
-}
+#  updateColumns(municTab, tmp)
-## mesmo erro que acima:
+#}
-##Erro em if (poskey != 1) { : argumento tem comprimento zero
 ## 2. adicionando como uma nova tabela
+## 2.1 usando importTable()
+figadoTab1 <- importTable(l.pr, "FigadoCancer", id="id", figado)
+l.pr
-## 2.1 usando creatTable()
+## 2.2 usando creatTable()
 figadoTab <- createTable(l.pr, "CancerFigado")
 figadoTab
@@ Linha 160: / Linha 160: @@
 updateColumns(figadoTab, figado)
 figadoTab
-## usando importTable()
-figadoTab1 <- importTable(l.pr, "FigadoCancer", id="id", figado)
 l.pr
@@ Linha 169: / Linha 165: @@
 ##    A segunda simplesmente encapsula os comandos da primeira em uma unica chamada?
+## removendo tabela(s):
+## o seguinte não funcionou:
+deleteTable(l.pr, "FigadoCancer")
+#Erro em function (classes, fdef, mtable)  :
+#  unable to find an inherited method for function "deleteTable", for signature "aRTlayer"
+## e o seguinte deu um crash!
+#deleteTable(db, "FigadoCancer")
 ##
 ## Layer 2: dados geoquímicos
 ##
 ## Q:
 ## Pedro, aqui estou tentando usar 3 formas diferentes de colocar
 ## o dado de pontos no banco, mas as baseadas im importSpData()
 ## estao dando problemas
 ##
@@ Linha 191: / Linha 193: @@
 ## convertendo teores para SpatialPointsDataFrame
 names(teores)
+teores$ID <- as.character(1:nrow(teores))
 coordinates(teores) <- c("LONGITUDE","LATITUDE")
-teores$ID <- as.character(1:nrow(teores))
 ## Q: como atribuir projeção ao Layer criado com importSpData()? O seguinte é válido?
 attr(teores, "proj4string") <- CRS(proj)
-l1.geoq <- importSpData(db, teores, "GQ1")
+l1.geoq <- importSpData(db, teores, "GQ1", "geoq1")
 ## MSG DE ERRO:
 #Erro em .aRTcall(object, "cppUpdateColumns", colnames = colnames(data),  :
@@ Linha 205: / Linha 207: @@
 ##
 teores <- read.table("aguafix.csv", head=T, sep=";")
-teores$ID <- as.character(1:nrow(teores))
+names(teores)[1] <- "ID"
-#ll <- SpatialPoints(teores[,c("LONGITUDE", "LATITUDE")], proj=CRS(proj))
+teores$ID <- as.character(teores$ID)
+##ll <- SpatialPoints(teores[,c("LONGITUDE", "LATITUDE")], proj=CRS(proj))
 lldf <- SpatialPointsDataFrame(coords=teores[,c("LONGITUDE", "LATITUDE")],
                                data=teores[,-(4:5)],
                                proj = CRS(proj))
-l12.geoq <- importSpData(db, lldf, "GQ2")
+l12.geoq <- importSpData(db, lldf, "GQ2", "geoq2")
 #Erro em .aRTcall(object, "cppUpdateColumns", colnames = colnames(data),  :
 #  Could not update the table
@@ Linha 220: / Linha 223: @@
 teores <- read.table("aguafix.csv", head=T, sep=";")
 coordinates(teores) <- c("LONGITUDE","LATITUDE")
-teores$ID <- as.character(1:nrow(teores))
+names(teores)[1] <- "ID"
+teores$ID <- as.character(teores$ID)
 attr(teores, "proj4string") <- CRS(proj)
@@ Linha 234: / Linha 238: @@
 ## Forma 4: (Funcionou, mas...)
 ##
-## alternativa a importSpData() seria fazer passo a passo
 teores <- read.table("aguafix.csv", head=T, sep=";")
-teores$ID <- as.character(1:nrow(teores))
+names(teores)[1] <- "ID"
+teores$ID <- as.character(teores$ID)
 lldf <- SpatialPointsDataFrame(coords=teores[,c("LONGITUDE", "LATITUDE")],
                                data=teores[,-(4:5)],
@@ Linha 246: / Linha 250: @@
 l4.geoq
 ## ele nao aceitou usar o nome da tabela "Elementos" já usado acima
-##  mesmo etando em outro layer !!!!!!
+##  mesmo estando em outro layer !!!!!!
 tb4.geoq <- importTable(l4.geoq, "Elem", id="ID", lldf)
 l4.geoq

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