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Diferenças
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publications:papercompanions:ppsurvival2013 [2013/05/09 08:02] cristianonn |
publications:papercompanions:ppsurvival2013 [2013/05/09 14:47] (atual) paulojus |
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|---|---|---|---|
| Linha 1: | Linha 1: | ||
| - | {{gallery>:publications:papercompanions}}====== Survival analysis in plant pathology ====== | + | ====== Survival analysis in plant pathology ====== |
| Nesi, C.N.; Shimakura, S.E.; Ribeiro Jr, P.J.; May De Mio, L.L. \\ | Nesi, C.N.; Shimakura, S.E.; Ribeiro Jr, P.J.; May De Mio, L.L. \\ | ||
| IDESIA 31(2) | IDESIA 31(2) | ||
| Linha 5: | Linha 6: | ||
| ==== Supplementary Material ==== | ==== Supplementary Material ==== | ||
| - | Data | + | - {{:publications:papercompanions:idesia2013:data.csv|Data}} |
| - | + | - R code for analysis | |
| - | + | - {{:publications:papercompanions:idesia2013:rfun.r|Functions}} | |
| - | **R code for analysis** | + | - {{:publications:papercompanions:idesia2013:script.r|R Script}} |
| - | + | ||
| - | require(survival) | + | |
| - | source("Rfun.r") | + | |
| - | dados <- read.csv('data.csv', header=T, dec=",") | + | |
| - | dados$ano <- as.factor(dados$ano) | + | |
| - | dados$arvore <- as.factor(dados$arvore) | + | |
| - | + | ||
| - | (s1 <- survfit(Surv(tempo, status)~ cult, data=subset(dados, ano=="1"))) | + | |
| - | (s2 <- survfit(Surv(tempo, status)~ cult, data=subset(dados, ano=="2"))) | + | |
| - | (s <- survfit(Surv(tempo, status)~ cult, data=dados)) | + | |
| - | + | ||
| - | survdiff(Surv(tempo, status)~ cult + strata(ano), data=subset(ensac, ano==1)) | + | |
| - | survdiff(Surv(tempo, status)~ cult + strata(ano), data=subset(ensac, ano==2)) | + | |
| - | survdiff(Surv(tempo, status)~ cult + strata(ano), data=ensac) | + | |
| - | + | ||
| - | fit <- coxph(Surv(tempo, status) ~ strata(ano)+ cult + frailty(arvore), data=dados) | + | |
| - | summary(fit) | + | |
| - | + | ||
| - | (residuo.sch <- cox.zph(fit)) | + | |
| - | + | ||
| - | ### Plots | + | |
| - | + | ||
| - | par(mfrow=c(2,2),mar=c(5,4,1,1), oma=c(1,1,1,1)) | + | |
| - | # kaplan meier | + | |
| - | par(mar=c(4,4,1,1)) | + | |
| - | plot(s, conf.int=F, lty=c(2:4), ylim=c(0.5, 1), | + | |
| - | xlab="Survival time (days)", | + | |
| - | font.lab=2, font=2, cex=1.5, ylab="Probability of survival", | + | |
| - | main="", lwd=c(2, 3, 4)) | + | |
| - | legend("bottomright", bty="n", cex=2, "a") | + | |
| - | legend(0.5, 0.7, c('Cultivar A','Cultivar B',' Cultivar C'), | + | |
| - | cex=1.2, bty="n",x.intersp=0.2, y.intersp=1, | + | |
| - | xjust=0, lty=2:4, lwd=c(2, 3, 4)) | + | |
| - | + | ||
| - | # frailty | + | |
| - | par(mar=c(4,4,1,1)) | + | |
| - | plot.frail(ensac$arvore, fit, xlab="Peach tree", | + | |
| - | font=2, font.lab=2, ylim=c(0.3,2.3), | + | |
| - | main="") | + | |
| - | legend("bottomright", bty="n", cex=2, "b") | + | |
| - | legend("topleft", bty="n", cex=1.2, "Frailty (p = 0,17)") | + | |
| - | + | ||
| - | # residuals | + | |
| - | + | ||
| - | par(mar=c(4,4,1,1)) | + | |
| - | plot(residuo.sch, var="cultB",font=2, font.lab=2, main="", | + | |
| - | ylim=c(-21,21)) | + | |
| - | legend("bottomright", bty="n", cex=2, "c") | + | |
| - | legend("topleft", bty="n", cex=1.2, "r = 0,14 (p = 0,0925)") | + | |
| - | + | ||
| - | + | ||
| - | par(mar=c(4,4,1,1)) | + | |
| - | plot(residuo.sch, var="cultC",font=2, font.lab=2, main="", | + | |
| - | ylim=c(-21,21)) | + | |
| - | legend("bottomright", bty="n", cex=2, "d") | + | |
| - | legend("topleft", bty="n", cex=1.2, "r = 0,12 (p = 0,1442)") | + | |
