• Evolução da tecnologia: coleta, processamento e análise com bases de dados de alta dimensão
• Rotinas de análise mais sofisicadas e complexas
• Como garantir que toda essa informação, e todo esse resultado que vem sendo gerado pode ser confiável?
• As análises, os modelos e os algoritmos que usamos atualmente são bastante complexos: difícil descrever todos os detalhes em palavras
• Entender o que alguém fez em uma análise de dados atualmente, requer olhar para o código

• Anil Potti et al: A Genomic Strategy to Refine Prognosis in Early-Stage Non–Small-Cell Lung Cancer. The New England Journal of Medicine. 2006.
• Prever a evolução do câncer de pulmão de um paciente usando matrizes de expressão
• Anil Potti et al: Genomic signatures to guide the use of chemotherapeutics. Nature Medicine. 2006.
• Utilização de "linhas de células", para prever a quimioterapia mais eficaz para pacientes que sofrem de câncer de pulmão, mama ou de ovário

• O grupo de Duke iniciou três ensaios clínicos baseados nos trabalhos publicados.
• Bioestatísticos do MD Anderson Cancer Centre tentaram reproduzir os resultados do artigo, com a finalidade de usar a nova técnica.
• Foram encontradas diversas falhas como linhas de células com nomes errados, nomes e números de células inconsistentes, etc.
• Depois disso, uma série de investigações foram realizadas, levando a cessar os ensaios clínicos já iniciados pela Universidade.
• Dr. Potti pediu demissão, e depois foi descoberto que ele tinha envolvimento com empresas da área biomédica.

Ciência é conhecimento que entendemos tão bem que podemos ensiná-la para um computador. Todo o resto é arte.

Donald Knuth, 1974

O processo de análise de dados por um pesquisador pode ser comparado ao processo de criação de uma música por um músico.

Os métodos já foram ensinados ao computador, cabe ao analista saber como juntar as ferramentas e aplicá-las para responder questões relevantes para a ciência e para as pessoas.

A Ciência é um processo de aprendizado da natureza, onde ideias concorrentes sobre como funciona o mundo são medidas contra observações.

Richard Feynman, 1965

• Descrições: incompletas
• Observações: incertas e imprecisas
• Métodos para avaliar a concordância entre as ideias e as observações = Estatística (Stigler, 1986).

"Árvore de aprendizado" de Platt (1964) a partir de experimentos críticos, denominada inferência forte (strong inference), e que consiste das seguintes etapas:

1. Conceber hipóteses alternativas.
2. Conceber um experimento crucial (ou vários deles) com possíveis resultados alternativos, onde cada um poderá excluir, dentro do possível, uma ou mais hipóteses.
3. Realizar o experimento de forma a obter resultados mais confiáveis possíveis.
4. Reciclar o procedimento, criando subhipóteses ou hipóteses sequenciais para refinar as possibilidades que restam, e assim por diante.

Esta visão de Platt é naturalmente uma extensão lógica do trabalho de Popper, que revolucionou a filosofia da Ciência no século 20, ao argumentar que uma hipótese não pode ser provada, apenas desprovada.

A essência do método Popperiano é "desafiar" uma hipótese repetidamente. Se a hipótese permanece válida então ela não é validada, mas adquire um certo "grau de confiança", que na prática passa a ser tratada como verdadeira.

Coincidindo com esta filosofia de Popper está o trabalho estatístico de Ronald Fisher, Karl Pearson, Jerzy Neyman e outros, que desenvolveram grande parte da teoria estatística atual associada à "testes de hipótese".

A replicação é um dos pilares fundamentais da ciência.

É necessário que diversos cientistas coletem e analisem dados de forma independente, e cheguem no mesmo resultado.

Se muitas pessoas diferentes chegarem à mesma conclusão de forma independente, então tendemos a pensar que a relação ou resultado provavelmente é verdadeiro (que vai de encontro com a filosofia de Popper).

Hoje em dia, a replicação tem se tornado cada vez mais desafiadora:

• Estudos maiores e mais caros
• Disponibilidade de recursos financeiros para pesquisas cada vez mais escassa

Além disso, existem estudos que dificilmente podem ser replicados:

• Avaliação do impacto de um terremoto em um determinado local
• Evolução do crescimento de uma floresta
• Estudo clínico que acompanhou as reações de pacientes à um medicamento durante 20 anos

Existem muitas boas razões pelas quais não podemos replicar um estudo.

Se replicar não é possível, então existem duas opções:

• Não fazer nada (não é uma opção na verdade)
• Reproduzir a pesquisa.

A ideia é criar uma espécie de padrão mínimo, ou um meio-termo entre replicar um estudo e não fazer nada.

Uma parte fundamental da pesquisa reproduzível é tornar disponíveis dados e métodos computacionais (em forma de código).

• Validação da análise de dados
• Diferentes cientistas, com diferentes visões e ideias podem colaborar no sentido de continuar a pesquisa, ou sugerir outras abordagens
• Novas possibilidades para novas perguntas
• Acelerar a geração de conhecimento

• A revista Science teve uma edição inteira dedicada à reproducibilidade.

• Muitas revistas científicas tem atualizado suas políticas de publicação, para encorajar a reproducibilidade dos artigos publicados.

  • Biostatistics
  • Public Library of Science (PLoS)

Preocupações:

• Como fica a questão da propriedade intelectual?
• Como fica a disponibilização de dados que foram coletados com financiamento privado ou público?
• Até que ponto a disponibilização dos dados não irá prejudicar meus projetos futuros?
• Será que não posso sofrer plágio?

Cientistas estão preocupados em fazer pesquisa reproduzível, mas mesmo na PLoS, cerca de 60% das publicações não disponibilizam dados suficientes.

Quatro elementos principais:

1. Dados: Os dados utilizados na análise devem ser disponibilizados da maneira como foram analisados originalmente.
2. Código: O código utilizado para produzir os resultados apresentados.
3. Documentação: Descrever o código e os dados utilizados na análise de maneira clara.
4. Distribuição: Distribuir todos esses elementos de maneira que sejam facilmente acessíveis.

Estudos recentes tem mostrado que cientistas passam cerca de 30% de seu tempo escrevendo códigos.

No entanto, mais de 90% deles são primariamente auto-didatas, e portanto carecem de exposição à boas práticas de desenvolvimento de software como:

• escrever códigos de fácil manutenção
• usar um sistema de controle de versões
• rastreadores de bugs
• testes unitários
• automação de tarefas.

1. Escreva programas para humanos, não para computadores
2. Deixe o computador fazer o trabalho
3. Faça alterações incrementais
4. Não repita você mesmo (ou outros)
5. Prepare-se para erros
6. Otimize código apenas depois que ele funcionar
7. Documente a ideia e o propósito, não a mecânica
8. Colabore

Publicar dados e códigos não é necessariamente uma tarefa trivial.

Problemas comuns:

• Muitos autores simplesmente "colocam" arquivos na web.
• Existem jornais que disponibilizam materiais suplementares, mas que sabidamente são desorganizados ou falhos.
• Mesmo quando dados e códigos estão disponíveis, o leitor ainda tem que baixar dados e códigos, e então tentar juntar tudo (altamente desencorajador)
• O leitor pode não ter os mesmos recursos computacionais que o autor.

Por isso, a proposta de distribuir dados e códigos documentados de uma pesquisa científica, de maneira acessível e auto-contida.

O R possui ferramentas para gerar documentos de análise (dinâmicos), auto-contidos (em formato de pacote ou arquivos simples).

Dessa forma, para reproduzir uma pesquisa é necessário apenas executar um arquivo (ou instalar um pacote no R) para reproduzir uma análise.

Benefícios:

• Os dados e os códigos são disponibilizados conjuntamente
• As análises podem ser documentadas em forma de documentos dinâmicos
• Eventuais funções que forem criadas para uma análise específica também já estão disponíveis
• A compatibilidade das análises entre sistemas operacionais é aumentada

Na apresentação do dia 18/09/2015:

• Literate Programming
• Literate Programming no R
  • Sweave
  • knitr
• Markdown
• Pandoc

knitr com Markdown

R Markdown

• Convertendo R Markdown para outros formatos
• Metadados (YAML)
• Opções do knitr

• Possibilidade de aprimorar as páginas com Bootstrap
• Referências bibliográficas
• Sites inteiros em R Markdown

Adicionando índice e número de seção

output:
  html_document:
    toc: true
    toc_float:
      collapsed: false
    number_sections: true

Alterando exibição de código

output:
  html_document:
    code_folding: hide

Alterando temas com Bootstrap

output:
  html_document:
    theme: journal

Os temas podem ser escolhidos entre os disponíveis em http://bootswatch.com/

É possível adicionar referências bibliográficas a documentos em R Markdown nativamente (graças ao Pandoc) usando o mesmo padrão do LaTeX (arquivos BibTeX)

bibliography: referencias.bib

Para criar uma citação use a sintaxe [@id] onde id é o identificador da referência.

Para citações in-line use apenas @id.

Quando o documento for compilado, uma lista com as referências utilizadas será incluida ao final do documento. No entanto, não há um título automático, por isso é comum incluir # Referências no final.

Exemplos

Separe multiplas citações com `;`, por exemplo
[@Buckland2004; @DeValpine2004].

Você pode adicionar comentários arbitrários dentro do colchetes, como
por exemplo [veja @Durbin1997, pp. 33-35; e @Kitagawa1987, cap. 1].

Remova os colchetes para criar citações no texto com @Lele2007, ou
@Meinhold2016 [p. 5].

Você pode criar sites inteiros com R Markdown, contendo todo o material necessário para uma pesquisa reproduzível.

O site pode conter diversas páginas com documentos em R Markdown, além dos dados e demais arquivos necessários.

Facilidade na hora da distribuição e divulgação da pesquisa.

Apenas dois arquivos necessários

_site.yml

name: "Site"
navbar:
  title: "Meu site"
  left:
    - text: "Home"
      href: index.html

index.Rmd

---
title: "Meu site"
---

Esta é a página inicial do meu site.

Para um exemplo simples veja

• https://github.com/fernandomayer/pesqrep
• https://fernandomayer.github.io/pesqrep/

O GitHub funciona tanto como um repositório para os arquivos, quanto como um servidor gratuito para hospedar o site.