---
output:
  knitrBootstrap::bootstrap_document:
    title: "TESTE YAML"
    theme: Spacelab
    highlight: Zenburn
    theme.chooser: TRUE
    highlight.chooser: TRUE
    menu: FALSE
---

```{r setup, include=FALSE, purl=FALSE, eval=TRUE}
opts_chunk$set(
    ## knitr options
    cache = TRUE,
    tidy = FALSE,
    comment = NA,
    fig.width = 10,
    fig.height = 8,
    fig.align = "center",
    dpi = 80, ## aumentar o dpi para exibir maior.
    dev = "png",
    # fig.path = "figures/",
    ## knitrBootstrap package options (YAML)
    # bootstrap.title = "TESTE",
    # bootstrap.theme.chooser = TRUE,
    # bootstrap.highlight.chooser = TRUE,
    # bootstrap.theme = "Cosmo",
    # bootstrap.highlight = "Github",
    # bootstrap.menu = TRUE,
    custom.header = NULL,
    clean_supporting = TRUE,
    ## knitrBootstrap chunck options
    bootstrap.thumbnail = TRUE,
    bootstrap.thumbnail.size = "col-md-12",
    bootstrap.panel = TRUE,
    bootstrap.show.code = TRUE,
    bootstrap.show.output = FALSE,
    bootstrap.show.message = FALSE,
    bootstrap.show.warning = FALSE,
    bootstrap.show.error = FALSE,
    bootstrap.class = "row"
    )
```

<center>
<h1>
CE 083 - Estatística Computacional I
</h1>
<h6>
<a href="http://leg.ufpr.br/doku.php/disciplinas:ce083-2015-02">http://www.leg.ufpr.br/ce083</a>
</h6>
</center>

<br><br>
<p style="display: flex; justify-content: space-between; line-height: 0.75;">
<span>
<a href="http://www.ufpr.br/portalufpr/">Universidade Federal do Paraná</a>
</span>
<span>
<a href="http://www.leg.ufpr.br/~fernandomayer">Prof. Fernando de Pol Mayer</a>
</span>
<p style="display: flex; justify-content: space-between; line-height: 0.75;">
<span>
<a href="http://www.coordest.ufpr.br/">Curso de Graduação em Estatística</a>
</span>
<span>
<a href="http://www.leg.ufpr.br">Lab. de Estatística e Geoinformação - LEG</a>
</span>
<p style="display: flex; justify-content: flex-end; line-height: 0.75;">
<a href="http://www.est.ufpr.br">Departamento de Estatística - UFPR</a>
</p> 

<center>
<hr width="100%" size="3px">
</center>

# Sumário

Manipulação de objetos: indexação e seleção condicional

#### Autores e licença

Paulo Justiniano Ribeiro Jr., Fernando de Pol Mayer, Walmes Marques
Zeviani

<a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/"><img alt="Licença Creative Commons" style="border-width:0" src="https://i.creativecommons.org/l/by-nc-sa/4.0/88x31.png" /></a><br />Este obra está licenciado com uma Licença <a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">Creative Commons Atribuição-NãoComercial-CompartilhaIgual 4.0 Internacional</a>.


# Manipulação de objetos

## Indexação

Existem três tipos de operadores que podem ser usados para indexar (e
selecionar) **sub-conjuntos** (*subsets*) de objetos no R:

- O operador `[ ]` sempre retorna um objeto da mesma classe que o
  original. Pode ser usado para selecionar múltiplos elementos de um
  objeto
- O operador`[[ ]]` é usado para extrair elementos de uma **lista** ou
  **data frame**. Pode ser usado para extrair um único elemento, e a
  classe do objeto retornado não precisa necessariamente ser uma lista
  ou data frame.
- O operador `$` é usado para extrair elementos **nomeados** de uma
  lista ou data frame. É similar ao operador `[[ ]]`.

### Indexação de vetores

Observe o seguinte vetor de contagens

```{r}
cont <- c(8, 4, NA, 9, 6, 1, 7, 9)
cont
```

Para acessar o valor que está na posição 4, faça:

```{r}
cont[4]
```

> Os colchetes `[ ]` são utilizados para **extração** (seleção de um
> intervalo de dados) ou **substituição** de elementos. O valor dentro
> dos colchetes é chamado de **índice**.

Para acessar os valores nas posições 1, 4 e 8 é necessário o uso da
função `c()`:

```{r}
cont[c(1, 4, 8)]
```

Ou:

```{r}
ind <- c(1, 4, 8)
cont[ind]
```

Para selecionar todos os valores, **excluindo** aqueles das posições
1, 4 e 8:

```{r}
cont[-c(1, 4, 8)]
```

Também é possível selecionar uma sequência de elementos (com qualquer
uma das funções de gerar sequências que já vimos antes):

```{r}
## Seleciona os elementos de 1 a 5
cont[1:5]
## Seleciona os nas posições ímpar
cont[seq(1, 8, by = 2)]
```

## Exercícios

1. Crie um vetor com os valores: `88, 5, 12, 13`
1. Selecione o elemento na posição 3
1. Selecione o valor 88
1. Selecione os valores 13 e 5
1. Selecione todos os valores, menos o 88 e o 13
1. Insira o valor 168 **entre** os valores 12 e 13, criando um novo
   objeto

Para selecionar todos os elementos que sejam `NA`, ou todos menos os
`NA`s, precisamos usar a função `is.na()`

```{r}
## Para selecionar os NAs
cont[is.na(cont)]
## Para selecionar todos menos os NAs
cont[!is.na(cont)]
```

Para substituir os `NA`s por algum valor (*e.g.* 0):

```{r}
cont[is.na(cont)] <- 0
cont
```

E para especificar `NA` para algum valor

```{r}
is.na(cont) <- 3
cont
## Mais seguro do que
# cont[3] <- NA
```

> Note que se utilizarmos o operador de atribuição `<-` em conjunto com
> uma indexação, estaremos **substituindo** os valores selecionados
> pelos valores do lado direito do operador de atribuição.

#### Vetores nomeados

Quando vetores possuem seus componentes **nomeados**, a indexação pode
ser realizada pelos nomes destes componentes.

```{r}
## Atribui as letras "a", "b", ..., "h" para os componentes de cont
names(cont) <- letters[1:length(cont)]
## Acessando o quarto elemento
cont["d"]
## Acessando o sexto e o primeiro elemento
cont[c("f", "a")]
```

> Dica: veja `?letters`

### Indexação de matrizes

Considere a seguinte matriz

```{r}
mat <- matrix(1:9, nrow = 3)
mat
```

Acesse o valor que está na linha 2 da coluna 3:

```{r}
mat[2,3]
```

> A indexação de matrizes sempre segue a ordem `[linha, coluna]`

Para acessar todas as linhas da coluna 1:

```{r}
mat[, 1]
```

Para acessar todas as colunas da linha 1:

```{r}
mat[1, ]
```

Note que o resultado destas extrações trazem os valores internos das
matrizes, mas com a dimensão reduzida (nestes casos para uma
dimensão). Se o objetivo for, por exemplo, extrair uma parte da matriz,
mas mantendo as duas dimensões, então precisamos usar o argumento `drop`
da "função" `[` (sim, também é uma função; veja `"["`).
Veja as diferenças:

```{r}
mat[3, 2]
mat[3, 2, drop = FALSE]
mat[1, ]
mat[1, , drop = FALSE]
```

Para acessar as linhas 1 e 3 das colunas 2 e 3:

```{r}
mat[c(1, 3), c(2, 3)]
```

E note que aqui a dimensão já é 2 pois naturalmente o resultado preisa
ser representado em duas dimensões.

#### Matrizes nomeadas

Se as matrizes tiverem linhas e/ou colunas nomeados, a indexação também
pode ser feita com os nomes.

```{r}
##----------------------------------------------------------------------
## Nomes das colunas
colnames(mat) <- LETTERS[1:3]
## Toas as linhas da colua B
mat[, "B"]
## Elemento da linha 1 e coluna C
mat[1, "C"]
##----------------------------------------------------------------------
## Nomes das linhas
rownames(mat) <- LETTERS[24:26]
## Todas as colunas da linha X
mat["X", ]
## Elemento da linha Y e coluna A
mat["Y", "A"]
```

### Indexação de listas

Considere a seguinte lista:

```{r}
lis <- list(c(3, 8, 7, 4), mat, 5:0)
lis
```

Para acessar o segundo **componente** da lista:

```{r}
lis[[2]]
```

Para acessar o terceiro valor do primeiro componente:

```{r}
lis[[1]][3]
```

Note que o segundo elemento da lista é uma matriz, portanto a indexação
da matriz *dentro da lista* também segue o mesmo padrão

```{r}
lis[[2]][2, 3]
```

Se a lista tiver  componentes **nomeados**, eles podem ser acessados com
o operador `$`: 

```{r}
lis <- list(vetor1 = c(3, 8, 7, 4), mat = mat, vetor2 = 5:0)
## Ou
## names(lis) <- c("vetor1", "mat", "vetor2")
lis
```

```{r}
## Acesando o segundo componente
lis$mat
## Linha 2 e coluna 3
lis$mat[2, 3]
## Terceiro elemento do primeiro componente
lis$vetor1[3]
```

Ou então

```{r}
lis[["mat"]]
lis[["vetor1"]][3]
```

> O símbolo `$` é utilizado para acessar componentes **nomeados** de
> listas ou data frames.

### Indexação de data frames

Considere o seguinte data frame

```{r}
da <- data.frame(A = 4:1, B = c(2, NA, 5, 8))
da
```

Para acessar o segundo elemento da primeira coluna (segue a mesma lógica
da indexação de matrizes pois também possui duas dimensões):

```{r}
da[2, 1]
```

Acesse todas as linhas da coluna B:

```{r}
da[, 2]
```

Ou usando o nome da coluna:

```{r}
da[,"B"]
```

Todas as colunas da linha 1:

```{r}
da[1, ]
```

Ou usando o "nome" da linha:

```{r}
da["1", ]
```

Como o data frame é um caso particular de uma lista (onde todos os
componentes tem o mesmo comprimento), as colunas de um data frame também
podem ser acessadas com `$`: 

```{r}
da$A
```

Para acessar o terceiro elemento da coluna B:

```{r}
da$B[3]
```

Para acessar os elementos nas posições 2 e 4 da coluna B:

```{r}
da$B[c(2, 4)]
```

> Tamém é possível indexar data frames com ``[[ ]]`` assim como em
> listas, mas não é muito funcional.

Para lidar com `NA`s em data frames, podemos também usar a função
`is.na()`

```{r}
da[is.na(da), ] # nao retorna o resultado esperado
## É necessário especificar as colunas
da[is.na(da$A), ]
da[is.na(da$B), ]
```

Para remover as linhas que possuem `NA`, note que será necessário
remover todas as colunas daquela linha, pois data frames não podem ter
colunas de comprimentos diferentes

```{r}
da[!is.na(da$B), ]
```

A função `complete.cases()` facilita esse processo. Veja o resultado

```{r}
complete.cases(da)
da[complete.cases(da), ]
```

### A função `with()`

Para evitar fazer muitas indexações de um mesmo data frame, por exemplo,
podemos utilizar a função `with()`

```{r}
with(da, A)
```

é o mesmo que

```{r}
da$A
```

Também é útil para acessar elementos específicos dentro de data
frames. Por exemplo, o terceiro elemento da coluna B

```{r}
with(da, B[3])
```

## Exercícios

1. Crie uma matriz (qualquer) com dimensão 4x3
1. Acesse o elemento na quarta linha e na segunda coluna
1. Acesse todos os elementos, com exceção da segunda coluna e da
   terceira linha
1. Crie uma lista (nomeada) com 3 componentes: um vetor numérico de
   comprimento 10, um vetor de caracteres de comprimento 7, e a matriz
   do exercício anterior
1. Acesse os elementos nas posições de 5 a 3 do primeiro componente da
   lista
1. Acesse os caracteres de todas as posições, menos na 2 e 6
1. Acesse todas as linhas da coluna 3 da matriz dentro desta lista
1. "Crie", um novo componente nessa lista (usando `$`), contendo 30
   valores aleatórios de uma distribuição normal $\text{N}(12, 4)$
   (veja `?rnorm`)
1. Crie um data frame que contenha duas colunas: a primeira com as
   letras de "A" até "J", e outra com o resultado de uma chamada da
   função `runif(7, 1, 5)`
1. Extraia as duas primeiras linhas desse data frame
1. Extraia as duas últimas linhas desse data frame
1. Qual é o valor que está na linha 6 e coluna 1?
1. Qual é o valor que está na linha 4 da coluna 2?
1. (Supondo que você não soubesse) Como você faria para contar quantos
   valores perdidos (`NA`s) existem nesse data frame?
1. Elimine os `NA`s deste data frame.
1. Crie uma nova coluna neste data frame, com valores numéricos
   (quaisquer) 
1. Crie mais um componente na lista anterior, que será também uma lista
   com dois componentes: `A` com os valores `1:5`, e `B` com as letras
   de "a" a "f"
1. Acesse o número 4 de `A`
1. Acesse a letra "c" de `B`

```{r, echo=FALSE, eval=FALSE, include=FALSE}
mm <- matrix(runif(12), nrow = 4)
mm[4, 2]
ll <- list(v1 = runif(10), v2 = letters[1:7], mm = mm)
ll
ll[[1]][5:3]
ll[[2]][-c(2,6)]
ll[[3]][, 3]
ll$v3 <- rnorm(30, 12, 2)
ll$l1 <- list(A = 1:5, B = letters[1:6])
ll$l1$A[4]
ll$l1$B[3]
dd <- data.frame(Letras = LETTERS[1:10],
                 Numeros = c(runif(7, 1, 5), rep(NA, 3)))
dd
```

## Seleção condicional

### Seleção condicional em vetores

> A **seleção condicional** serve para extrair dados que satisfaçam
> algum critério, usando **expressões condicionais** e **operadores
> lógicos**.

Considere o seguinte vetor

```{r}
dados <- c(5, 15, 42, 28, 79, 4, 7, 14)
```

Selecione apenas os valores maiores do que 15:

```{r}
dados[dados > 15]
```

Selecione os valores maiores que 15 E menores ou iguais a 35:

```{r}
dados[dados > 15 & dados <= 35]
```

Para entender como funciona a seleção condicional, observe apenas o
resultado da condição dentro do colchetes:

```{r}
## Usando & (e)
dados > 15 & dados <= 35
## Usando | (ou)
dados > 15 | dados <= 35
```

Os valores selecionados serão aqueles em que a condição for
`TRUE`, nesse caso apenas o quarto elemento do vetor `dados`.

A seleção condicional também é muito útil para selecionar elementos de
um vetor, baseado em uma condição de outro vetor.

Considere o seguinte vetor de caracteres

```{r}
cara <- letters[1:length(dados)]
```

Considere que de alguma forma, os objetos `dados` e `cara` possuem
alguma relação. Sendo assim, podemos selecionar elementos de `dados`,
baseados em alguma condição de `cara`

```{r}
## Elemento de dados onde cara é igual a "c"
dados[cara == "c"]
```

Se quisermos selecionar mais de um elemento de `dados`, baseado em uma
condição de `cara`?

```{r}
## Elementos de dados onde cara é igual a "a" e "c"
cara == "a" & cara == "c" # porque não funciona?
cara == "a" | cara == "c"
dados[cara == "a" | cara == "c"]
```

Uma solução melhor seria se pudessemos usar

```{r}
dados[cara == c("a", "c")]
```

mas nesse caso só temos o primeiro elemento. Um operador muito útil
nestes casos é o `%in%`

```{r}
dados[cara %in% c("a", "c")]
cara %in% c("a", "c")
```

Veja a diferença

```{r}
cara == c("a", "c")
cara %in% c("a", "c")
```

Também é possível fazer a seleção de `cara`, baseado em uma condição em
`dados`

```{r}
## Elemento de cara onde dados é igual a 15
cara[dados == 15]
## Elemento de cara onde dados for maior do que 30
cara[dados > 30]
## Elemento de cara onde dados for igual a 4 ou 14
cara[dados %in% c(4, 14)]
```

### A função `which()`

Até agora vimos seleções condicionais que nos retornavam o resultado de
uma expressão condicional em vetores. No entanto, muitas vezes estamos
interessados em saber a **posição** do resultado de uma expressão
condicional, ao invés do resultado em si.

A fução `which()` retorna as posições dos elementos que retornarem
`TRUE` em uma expressão condicional.

```{r}
## Elementos maiores de 15
dados[dados > 15]
which(dados > 15)
## Elementos maiores de 15 e menores ou iguais a 35
dados[dados > 15 & dados <= 35]
which(dados > 15 & dados <= 35)
## Elementos de dadaos onde cara igual a "c"
dados[cara == "c"]
which(cara == "c")
## Elementos de dadaos onde cara igual a "a" ou "c"
dados[cara %in% c("a", "c")]
which(cara %in% c("a", "c"))
```

## Exercícios

1. Crie um vetor (`x`) com os valores 3, 8, 10, 4, 9, 7, 1, 9, 2, 4.
1. Selecione os elemntos maiores ou iguais a 5
1. Selecione todos os elementos menos o 4
1. Selecione os elementos maiores que 4 e menores que 8
1. Crie um vetor (`a`) com as letras de A até J
1. Selecione os elementos de x onde a for igual a "F"
1. Selecione os elementos de x onde a for igual a "B", "D", e "H"
1. Qual a posição do número 10 em x?
1. Quais as posições dos valores maiores ou iguais a 8 e menores ou
   iguais a 10 em x?
1. Quais as posições das letras "A", "B", "D" em a?


### Seleção condicional em data frames

Considere o seguinte data frame

```{r}
dados <- data.frame(ano = c(2001, 2002, 2003, 2004, 2005),
                    captura = c(26, 18, 25, 32, NA),
                    porto = c("SP", "RS", "SC", "SC", "RN"))
```

Extraia deste objeto apenas a linha correspondente ao ano 2004:

```{r}
dados[dados$ano == 2004, ]
```

Mostre as linhas apenas do porto "SC":

```{r}
dados[dados$porto == "SC", ]
```

Observe as linhas onde a captura seja maior que 20, selecionando apenas
a coluna `captura`:

```{r}
dados[dados$captura > 20, "captura"]
```

Também exclua as linhas com `NA`s (agora com todas as colunas):

```{r}
dados[dados$captura > 20 & !is.na(dados$captura), ]
dados[dados$captura > 20 & complete.cases(dados), ]
```

A condição pode ser feita com diferentes colunas:

```{r}
dados[dados$captura > 25 & dados$porto == "SP", ]
```

A função `subset()` serve para os mesmos propósitos, e facilita todo o
processo de seleção condicional:

```{r}
dados[dados$porto == "SC", ]
subset(dados, porto == "SC")
dados[dados$captura > 20, ]
subset(dados, captura > 20)
dados[dados$captura > 20 & !is.na(dados$captura), ]
dados[dados$captura > 20, "captura"]
subset(dados, captura > 20, select = captura)
```

A grande vantagem é que a função `subset()` já lida com os `NA`s (se
isso for o que você precisa).

### Exercícios
1. Você contou 42 caranguejos na Joaquina, 34 no Campeche, 59 na
   Armação, e 18 na Praia Mole. Crie um data frame para armazenar estas 
   informações (número de caranguejos observados e local).
1. Com o data frame criado no exercício anterior,
   mostre qual a praia onde foram coletadas menos de 30 caranguejos
   (usando seleção condicional!).
1. Crie uma nova coluna (região) neste data frame indicando que
   Joaquina e Praia Mole estão localizadas no leste da ilha (leste), e
   Campeche e Armação estão no sul (sul).
1. Selecione as praias de região leste que possuem menos de 15
   caranguejos contados.
1. Você está interessado em saber em qual das duas praias do sul, o
   número de caranguejos contados foi maior do que 40. Usando a seleção
   condicional, mostre essa informação na tela.
1. Qual região possui praias com mais de 40 caranguejos contados?

<center>
<hr width="100%" size="3px">
</center>


Última atualização: `r Sys.time()`
