====== Rcitrus ======

Software para análise estatística de dados de incidência de doenças em plantas.

O Rcitrus é um disponibilizado na forma de um pacote (módulo adicional) para o [[http://www.r-project.org|R]], que é uma linguagem e ambiente para computação estatística.

Pagina externa ao wiki: [[http://leg.ufpr.br/~elias/Rcitrus|Rcitrus]]

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===== Autores =====

[[http://www.leg.ufpr.br/~elias|Elias Teixeira Krainski]] - Estatístico (UFPR), Mestrando (UFMG)

[[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]] - professor do Departamento de Estatística da UFPR

Renato Beozzo Bassanezi - pesquisador do [[http://www.fundecitrus.com.br|Fundecitrus]]

===== Resumo =====
Pacote em R para análise de dados de incidência de doenças em plantas. Seu
desenvolvimento foi motivado pela necessidade de automatizar a análise
estatística de dados de morte súbita dos citrus. Foram implementados alguns
procedimentos para análise do padrão espacial da incidência 
de doenças em um talhão. Para a análise por quadrat counts,
foram implementados os modelos de Poisson, binomial e beta-binomial, a lei
de Taylor e dois procedimentos de seleção dos quadrats: sistemático ou aleatório.
Para a análise por processos pontuais, foram adaptadas a técnica de
suavização por kernel (simples e razão), a análise por vizinhos próximos e
a função K de Ripley. Para a modelagem, foi implementado o modelo autologístico
com inferência utilizando bootstrap via amostrador de Gibbs e o método de
Monte Carlo. Também foram implementados cinco métodos para simulação de 
dados binários com dependência espacial em lattices regulares.

==== Funcionalidades e métodos implementados ====

  - Leitura e escrita de dados em planilhas
  - Conversores para classes de representação espaço temporal
  - Validação de dados
  - Análise por quadrat counts
  - Análise de processos pontuais
  - Modelo autologístico
  - Simulação de dados com padrão espacial

=====  Download e instalação  =====

===Dependências=== 

    - R, disponível no [[http://cran.r-project.org/|CRAN]]. 
    - Pacotes [[http://www.leg.ufpr.br/geoR|geoR]], splancs e sp, disponíveis a partir do CRAN, em pacotes. Para instalá-los via internet diretamente da linha de comandos do R, pode-se utilizar os comandos:
          * > install.packages("geoR")
          * > install.packages("splancs")
          * > install.packages("sp")

===Instalação em Linux/Windows=== 
  * **Instalação padrão** O download e instalação diretamente na linha de comandos do R é feita com o comando:<code R>
> install.packages("Rcitrus", contrib="http://leg.ufpr.br/Rcitrus") </code>

  * **Download dos pacotes** (código fonte e/ou outros tipos de instalação) 
    * Fonte: **[[http://leg.ufpr.br/Rcitrus/Rcitrus_0.3-1.tar.gz|Rcitrus_0.3-1.tar.gz]]** 
    * Binário para Windows: **[[http://leg.ufpr.br/Rcitrus/Rcitrus_0.3-1.zip|Rcitrus_0.3-1.zip]]**

===== Manuais =====

  - Introdução ao Rcitrus [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/intro/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/intro/intro.pdf|pdf]]
  - Trabalhando com dados de doenças de plantas em R [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/citrusData/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/citrusData/citrusData.pef|pdf]]
  - Validação de dados de Citrus em R [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/valida/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/valida/valida.pdf|pdf]]
  - Análise descritiva de dados de doenças de plantas com o Rcitrus [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/descritiva/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/descritiva/descritiva.pdf|pdf]]
  - Análise por quadrat counts em R [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/quadrats/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/quadrats/quadrats.pdf|pdf]]
  - Análise de processos pontuais em dados de Citrus [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/ppontuais/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/ppontuais/ppontuais.pdf|pdf]]
  - Modelo autologístico [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/autologistic/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/autologistic/autologistic.pdf|pdf]]
  - Simulação de dados de doenças em plantas [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/simula/|html]] [[http://www.leg.ufpr.br/Rcitrus/simula/simula.pdf|pdf]]

=====  Desenvolvimento =====

O Rcitrus foi desenvolvido no Laboratório de Estatística e Geoinformação [[http://www.leg.ufpr.br|(LEG)]], da Universidade Federal do Paraná.\\
O desenvolvimento foi parcialmente financiado pelo Fundo de Defesa da Citricultura [[http://www.fundecitrus.com.br/|(FUNDECITRUS)]].