======  Programação de métodos estatísticos integrando as linguagens C e R  ======

==== Resumo ====
Minicurso (INFORMAL) sobre programação envolvendo e combinando as linguagens C e R.

Será mostrado como pode-se escrever programas em C, utilizando procedimentos e rotinas do R (e ainda de outras bibliotecas como LAPACK etc).\\
Como exemplo serão mostrados como implementar alguns métodos e operações úteis e comuns em estatística.\\

Em resumo, o objetivo é fazer um cálculo em C com argumentos declarados em R. Por exemplo, procedimentos
iterativos (for, while, repeat) são mais eficientes em C. Podemos programar um procedimento desses em C,
gerar uma biblioteca dinamica e usa-la a partir do R, bastando chamar a funcao C e passar os argumentos
como ponteiro. 

Eventualmente o procedimento que vamos programar em C requer uso de funções de cálculos mais avançados,
tais como inversão de matrizes, geração de números aleatórios, optimização, etc. Para isso, usamos
bibliotecas R escritas em C, que fazem esses cálculos, dentro do nosso programa em C.



==== Tópicos ====
Os tópicos abordados no curso podem serão divididos em 3 aulas:

  - aula 1
    - soma e media de vetores
    - outer e produto matricial
  - aula 2
    - geracao de numeros aleatorios e calculo de probabilidades
    - analise de regressao linear simples
    - modelo de regressao de poisson
    - numeros aleatorios da distribuicao normal multivariada
  - aula 3
    - determinante e inversao de matrizes
    - densidade da distribuicao normal multivariada
    - exemplo de MCMC
    - chamando funcao R a partir do C++



==== Instruções aos interessados ==== 
  * trazer notebook (se possuir)
  * **se usuário de Linux:** instalar os pacotes necessários. Para Debian/Ubuntu & outros que usam APT:
<code>  apt-get install r-base r-base-core r-base-dev r-mathlib r-recommended lapack3-dev gcc gfortran
</code>
OBS: Se não houver habilitação para pacotes dev no seu computador, substitua lapack3-dev por lapack3

  * **se usuário de Windows:**\\
  ter instalado o R e o Rtools (ver instruções para instalar
 o Rtools na [[http://www.murdoch-sutherland.com/Rtools/|Página do Rtools]]). \\
    * OBS1: O Rtools contém:     
      * Perl (in Rtools.exe)
      * The command line tools (in Rtools.exe), necessário devido a pobreza de funcionalidades via comandos do Windows
      * The MinGW compilers (in Rtools.exe) 
    * OBS2: É trabalhoso configurar o ambiente em Windows: Instalar Rtools e configurar a variável de ambiente. \\ 
Portanto, procure fazer isso antes. Veja  instruções em [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#The-Windows-toolset|Windows toolset]]

==== Material ====
AULA 1
  * {{seminarios:rc.pdf|Introdução}} Vejam como é simples chamar uma função em C no R.
  * {{seminarios:somas.c|Arquivo 1}} soma de vetores, outer e produto de matrizes 
  * {{seminarios:somas.r|Arquivo 2}} exemplos usando arquivo anterior
  * {{seminarios:rprod.r|Arquivo 3}} função naive(não eficiente) para produto matricial em R

AULA 2
  * {{seminarios:randensprobs.c|Arquivo 1}} exemplos com geradores de números aleatórios, cálulo de densidades, quantis e probabilidades
  * {{seminarios:ranprob.r|Arquivo 2}} exemplos usando anterior
  * {{seminarios:myrmvnorm.c|Arquivo 3}} gerador de amostras da Normal Multivariada
  * {{seminarios:myrmvnorm.r|Arquivo 4}} exemplos usando anterior
  * {{seminarios:mycregress.c|Arquivo 5}} Regressão linear simples em C
  * {{seminarios:regressao.r|Arquivo 6}} exemplo usando anterior
  * {{seminarios:mypoissregress.c|Arquivo 7}} Regressão Poisson em C

  * {{seminarios:rcar.r|Exericicio}} Para casa 

AULA 3
  * {{seminarios:aaaaa.zip|Arquivo 1}} e {{seminarios:meupacoteteste.zip|Arquivo 1 B}} Arquivo de código fonte de pacote exemplo e compilado
  * {{seminarios:testes.r|Arquivo 2}} teste do pacote
  * {{seminarios:geomcmcteste2.r|Arquivo 3}} implementação em R do MCMC implementado em C
  * {{seminarios:dotcall.c|Arquivo 4}} chamada de função R em C
  * {{seminarios:dotcall.r|Arquivo 5}} exemplos usando anterior

Adicional: 

Usando r-mathlib em programas C standalone \\
Basta ter os dois arquivos abaixo num diretorio \\
(verificar se os locais do Rmath.h e libRmath.so estão referenciados corretamente)\\
compilar com make
  * {{seminarios:foo.c|Fonte}} Arquivo fonte com exemplo extraido [[http://www.stat.umn.edu/~charlie/stand/|daqui]] 
  * {{seminarios:makefile.txt|Makefile}} que utilizei (estat .txt pq o wiki n aceitou sem extensão) 

===== Participantes =====
[[:seminarios:minicursorc:participantes|Lista de participantes do curso]]

===== Outras informações  =====
  - **Incrições:** 
      * email to ''paulojus AT leg.ufpr.br''  
  - **Promoção:** [[http://www.leg.ufpr.br|LEG]]  
  - **Agradecimento especial:** Paulo Justiniano Ribeiro Junior