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Diferenças

Diferenças

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projetos:apspcs [2008/08/25 09:27]
joel
projetos:apspcs [2009/01/02 11:19] (atual)
joel
Linha 1: Linha 1:
 ===== Participantes ===== ===== Participantes =====
-  - [[pessoais:​kelly|Kelly Cristina Cancela]], ​Mestranda ​(UFPR)+  - [[pessoais:​kelly|Kelly Cristina Cancela]], ​Mestre(UFPR)
   - Antonio Rioyei Higa, Prof. Phd    - Antonio Rioyei Higa, Prof. Phd 
   - [[pessoais:​joel|Joel Maurício Corrêa da Rosa]] , Prof. Dr. (UFPR)   - [[pessoais:​joel|Joel Maurício Corrêa da Rosa]] , Prof. Dr. (UFPR)
   - [[pessoais:​lucianads|Luciana Duque Silva]] ,Doutoranda (UFPR)   - [[pessoais:​lucianads|Luciana Duque Silva]] ,Doutoranda (UFPR)
 +  - [[pessoais:​valdeci|Valdeci Constantino]] ,Mestrando (UFPR)
  
 ===== Objetivo ===== ===== Objetivo =====
Linha 57: Linha 58:
 {{:​pessoais:​lduque:​dadoslucianaduqueinclinacao.csv|Dados do Dendrômetro}} {{:​pessoais:​lduque:​dadoslucianaduqueinclinacao.csv|Dados do Dendrômetro}}
  
-<​code>​+Joel, estou enviando o arquivo com os dados para determinar as correlações existentes entre as inclinações diárias e os dados meteorológicos do ano de 2007. Neste arquivo tem duas planilhas, uma somente com os dados do ano de 2007 e a outra com os dados de 2007 e algumas informações de dezembro de 2006 para determinar as correlações com os dados meteorológicos dos meses anteriores. Qualquer dúvida me escreva.
  
- Welch Two Sample t-test 
  
-data:  Inclinacao by factor(Familia)  +===== Experimento ​Valdeci Constantino =====
-3.3352, df 237.873, p-value 0.0009887 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​0.02653859 0.10312808  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-       ​0.3349167 ​       0.2700833 ​+
  
- t.test(Inclinacao[meis==1]~Familia[meis==1])+Dados sobre crescimento de Pinus Taeda de acordo com diferentes tipos de tratamentos.
  
- Welch Two Sample t-test+{{:​projetos:​apspcs:​croqui_experimento_v1.xls|Croqui do Experimento}}
  
-data:  Inclinacao[meis ​== 1] by Familia[meis ​== 1]  +===== Plano Amostral para Estudo das Raízes =====
-0.4278, df 17.553, p-value ​0.674 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​-0.1215350 ​ 0.1835350  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           ​0.505 ​           0.474 +
  
-> t.test(Inclinacao[meis==2]~Familia[meis==2])+Este é um problema em que a determinação do plano amostral e do tamanho de amostra estão restritos aos custos monetários e, principalmente,​ operacionais ligados à coleta de dadosAs variáveis sob as quais desejamos retirar informações são características das raízes finas (fine rootse grossas (coarse roots) de Pinus Taeda plantadas na área experimental da empresa COMFLORESTA. A principal questão operacional vinculada a retirada das amostras é explicada pela dificuldade de locomoção na área com o "​trator",​ equipamento que arranca a árvore do solo e a coloca em suspensão para que seja analisada a arquitetura da raiz grossa.
  
- Welch Two Sample t-test+A importância no levantamento destas informações está no fato de que a absorção de nutrientes é feita pelas raízes finas e a sustentabilidade no crescimento está vinculada à raiz grossa. As características das raízes finas são expressas pelo peso e forma, enquanto a arquitetura da raiz grossa é mais dificil de ser definida ( ver Danjon e Reubens, 2008 ). 
  
-data:  Inclinacao[meis == 2] by Familia[meis == 2]  +O que chamamos de amostragem aquina verdade é uma sub-amostragem feita em cima de árvores localizadas numa área experimental.
-t = 1.0119df = 17.996, p-value = 0.325 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​-0.08179697 ​ 0.23379697  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           ​0.347 ​           0.271 +
  
-> t.test(Inclinacao[meis==3]~Familia[meis==3])+Planos amostrais sugeridos :  
 +  * Seleção de todas as árvores do primeiro bloco para análise de raízes finas e grossas. 
 +  * Seleção de duas árvores por parcela, em toda área do experimento,​ para análise de raízes finas e grossas.
  
- Welch Two Sample t-test 
  
-data:  Inclinacao[meis == 3] by Familia[meis == 3]  
-t = 1.021, df = 17.133, p-value = 0.3215 
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  
-95 percent confidence interval: 
- ​-0.07349969 ​ 0.21149969 ​ 
-sample estimates: 
-mean in group 11 mean in group 24  
-           ​0.298 ​           0.229  
  
-> t.test(Inclinacao[meis==4]~Familia[meis==4]) 
  
- Welch Two Sample t-test+==== Algumas Questões sobre o Experimento ====
  
-data:  Inclinacao[meis == 4] by Familia[meis == 4]  +  * O padrão de mortes é aleatório no espaço ? 
-t = 1.605, df = 17.661, p-value = 0.1262 +  * As mortes estão relacionadas aos fatores ? 
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +  ​* Variáveis de raízes finas tem associação com variáveis de raízes grossas ?
-95 percent confidence interval: +
- ​-0.02796802 ​ 0.20796802  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           ​0.301 ​           0.211 +
  
-> t.test(Inclinacao[meis==5]~Familia[meis==5]) 
  
- Welch Two Sample t-test 
  
-data:  Inclinacao[meis ​== 5] by Familia[meis ​== 5]  +==== Dissertação do Valdeci ====
-0.6314, df 17.51, p-value ​0.5359 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​-0.09336618 ​ 0.17336618  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           ​0.327 ​           0.287 +
  
 +Divisão da dissertação do Valdeci em capítulos. ​
  
-t.test(Inclinacao[meis==6]~Familia[meis==6])+==== Capítulo 1 ====
  
- Welch Two Sample t-test+O objetivo é verificar a influência dos fatores no desenvolvimento geral da árvore, caracterizado pelo diâmetro e altura.
  
-data ​Inclinacao[meis == 6] by Familia[meis == 6]  +   * Variáveis respostaDiâmetroaltura e volumesendo volume uma função de diâmetro e altura.
-t = 1.6165df = 17.785p-value = 0.1236 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​-0.03188598 ​ 0.24388598  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           ​0.422 ​           0.316 +
  
-> t.test(Inclinacao[meis==7]~Familia[meis==7])+   * Fatores de variação: Responsável pelo plantio ​(E - Empresa , T - Terceirizado), Sistema de produção de mudas (tubete/​55cm3 com 6 meses, tubete/​55cm3 com 10 meses, tubete/​126cm3 com 6 meses, raiz nua).
  
- Welch Two Sample t-test+Os tratamentos foram aleatorizados em 4 blocos com o objetivo de controlar a variação espacial pois há um leve declive no terreno. No total foram criadas 32 parcelas para receber os 8 tratamentos resultante das possíveis combinações entre os fatores controlados no experimento( Resp.plantio e Sist.prod).  
 +   
 +Metodologia Estatística
  
-data:  Inclinacao[meis == 7] by Familia[meis == 7]  +Será aplicado o modelo ANOVA para dois fatores em blocos inteiramente casualizadosadotando-se algum procedimento para controlar o número de mortos nas parcelas e seu efeito espacial nos resultadoscaso este efeito existaA hipótese existente para este efeito espacial é a de que parcelas com menor número de plantas oferecem mais espaço para o desenvolvimento da planta.
-t = 1.2701df = 16.575p-value = 0.2216 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​-0.04252069 ​ 0.17052069  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           0.342            0.278 +
  
-> t.test(Inclinacao[meis==8]~Familia[meis==8])+Uma primeira abordagem para minimizar o efeito da  mortalidade é considerar o número de mortos na vizinhança ​(no máximo podem haver mortos na vizinhançacomo uma covariável (sugestão PJ). Devemos ter cuidado para declaração do modelo no R.
  
- Welch Two Sample t-test+As análises de variância serão feitas para diâmetro, altura e volume de forma  UNIVARIADA. Como volume é função de diâmetro e altura, devemos discutir se há necessidade ​ realmente de repetir a análise para esta variável.
  
-data:  ​Inclinacao[meis == 8] by Familia[meis == 8]  +Definir alguns contrastes de interesse (Por exemplomédia dos tubetes ​ x raiz nua)
-t = 2.1657, df = 17.891, p-value = 0.04409 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​0.003334605 0.222665395  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           ​0.375 ​           0.262 +
  
-> t.test(Inclinacao[meis==9]~Familia[meis==9])+{{:​projetos:​apspcs:​resultadospreliminarescapitulo1.doc|Resultados Preliminares do Capítulo 1 }}
  
- Welch Two Sample t-test+ ==== Capítulo 2 ====
  
-data:  Inclinacao[meis == 9] by Familia[meis == 9]  +Para o capítulo ​2, serão analisadas as características das raízes finasPara esta finalidadefoi selecionada uma árvore por parcela, totalizando 4 por tratamentoFoi selecionada a árvore no centro da parcela equando esta estava morta, selecionou-se a próxima na ordem de numeração crescente de acordo com o croqui do experimento.
-t = 2.7336df = 17.958p-value = 0.01366 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​0.02729578 0.20870422  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           ​0.207 ​           0.089 +
  
-> t.test(Inclinacao[meis==10]~Familia[meis==10])+  * Variáveis resposta: peso em gramas da raízes finas medidas em 4 posições.
  
- Welch Two Sample t-test 
  
-data ​Inclinacao[meis == 10] by Familia[meis == 10]  +  * Fatores de variaçãoResponsável pelo plantio (E - Empresa , T - Terceirizado),​ Sistema de produção de mudas (tubete/​55cm3 com 6 meses, tubete/​55cm3 com 10 mesestubete/​126cm3 com 6 mesesraiz nua).
-t = 0.2025df = 17.497p-value = 0.8418 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​-0.0939401 ​ 0.1139401  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           ​0.331 ​           0.321 +
  
-> t.test(Inclinacao[meis==11]~Familia[meis==11]) 
  
- Welch Two Sample t-test+Algumas ​ hipóteses levantadas neste caso. Fatores ambientais podem levar a diferença entre os pesos das raízes finas nas diferentes posições(p1,​p2,​p3 e p4). Pode haver diferença nos pesos das raízes finas em função do sistema de produção pois espera-se que a raiz nua>​tubete/​126>​tubete/​55 10 meses > tubete 55 6 meses. Por hipótese, ​ a raiz nua tem a tendência em ter melhor desenvolvimento pelas suas características de desenvolvimento no viveiro. Devemos verificar a interação entre a posição e os tratamentos (Será que existe ?????)
  
-data:  Inclinacao[meis == 11] by Familia[meis == 11]  +Matrizes de correlação para verificar se os pesos.
-t = 0.5754, df = 17.598, p-value = 0.5723 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​-0.07972366 ​ 0.13972366  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           ​0.246 ​           0.216 +
  
-> t.test(Inclinacao[meis==12]~Familia[meis==12])+Definir alguns contrastes de interesse ​(Por exemplo: média dos tubetes ​ x raiz nua)
  
- Welch Two Sample t-test+Algumas dúvidas: (As observações nas posições são teoricamente correlacionadas espacialmente !!! Como superar isto ???)
  
-data:  Inclinacao[meis ​== 12] by Familia[meis ​== 12]  + ​==== ​Capítulo 3  ====
-0.5083, df 17.923, p-value ​0.6175 +
-alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0  +
-95 percent confidence interval: +
- ​-0.09717278 ​ 0.15917278  +
-sample estimates:​ +
-mean in group 11 mean in group 24  +
-           ​0.318 ​           0.287 +
  
-> t.test(Inclinacao~factor(Familia)) +No capítulo 3 foram amostradas, de maneira destrutiva, todas as árvores do primeiro bloco e cada ávore foi fotografada de 3 ângulos diferentes. Em cada ângulo, serão avaliadas as características da raiz grossa de acordo com escores pré-determinados. 64 árvores no total.
-</​code>​+
  
-Joel, estou enviando o arquivo ​com os dados para determinar as correlações existentes entre as inclinações diárias e os dados meteorológicos do ano de 2007Neste arquivo tem duas planilhasuma somente com os dados do ano de 2007 e a outra com os dados de 2007 e algumas informações de dezembro de 2006 para determinar as correlações ​com os dados meteorológicos dos meses anteriores. Qualquer dúvida me escreva.+  * A variável resposta é multivariada qualitativa ordinal. A princípio um vetor de dimensão 3 com os 3 escores ​para os ângulos fotografados. 
 +  * Fatores de variação: Responsável pelo plantio (E - Empresa ​T - Terceirizado),​ Sistema ​de produção ​de mudas (tubete/​55cm3 ​com meses, tubete/​55cm3 com 10 meses, tubete/​126cm3 com 6 meses, raiz nua)Covariável : Número de mortos na vizinhança,​ posição do morto na vizinhança , 
  
  
-===== Experimento - Valdeci Constantino =====+Verificar junto ao Cesar Taconeli a possibilidade de aplicar árvores de classificação multivariadas com o objetivo de identificar quais fatores levam aos  escores atribuídos as raízes. Com esta metodologia,​ talvez consigamos encontrar a conjunção dos fatores que levem ao melhor arquitetura de raiz grossa.
  
-Dados sobre crescimento de Pinus Taeda de acordo com diferentes tipos de tratamentos.+Uma possibilidade (mais pobre) é aplicar testes não paramétricos para a nota em cada ângulo fotografado.
  
-{{:​projetos:​apspcs:​croqui_experimento_v1.xls|Croqui do Experimento}}+Neste capítulo, a primeira abordagem estatística consiste de utilizar uma técnica não paramétrica para encontrar alguma evidência de diferença entre os métodos e entre as empresas na constituição da raiz grossa. A justificativa para utilizar técnicas não-paramétricas é a característica da variável resposta que é qualitativa.
  
-===== Plano Amostral para Estudo das Raízes ===== 
  
-Este é um problema em que a determinação do plano amostral e do tamanho de amostra estão restritos aos custos monetários e, principalmente,​ operacionais ligados à coleta de dados. ​As variáveis sob as quais desejamos retirar informações são características ​das raízes finas (fine rootse grossas ​(coarse rootsde Pinus Taeda plantadas na área experimental da empresa COMFLORESTA. A principal questão operacional vinculada a retirada ​das amostras é explicada pela dificuldade de locomoção na área com o "​trator",​ equipamento que arranca a árvore do solo e a coloca em suspensão ​para que seja analisada a arquitetura da raiz grossa.+<​code>​ 
 +# Leitura dos dados 
 +avalia<​-read.csv2('​http://​www.leg.ufpr.br/​~joel/​dados/​grossaclassif.csv'​) 
 +# Resumo ​das variaveis 
 +summary(avalia) 
 +# Attachando os dados 
 +attach(avalia) 
 +# Nomes das variaveis 
 +names(avalia) 
 +# Carrega pacote ​para comparacoes multiplas nao parametricas 
 +require(pgirmess)
  
-A importância no levantamento destas informações está no fato de que a absorção de nutrientes ​é feita pelas raízes finas e sustentabilidade no crescimento está vinculada à raiz grossa. As características das raízes finas são expressas pelo peso e forma, enquanto a arquitetura da raiz grossa é mais dificil de ser definida ( ver Danjon e Reubens, 2008 ). +# O gráfico ​de interacao ​é fundamental pois vai ser um instrumento para verificar 
 +sua possivel existencia
  
-O que chamamos de amostragem aquina verdade é uma sub-amostragem feita em cima de árvores localizadas numa área experimental.+interaction.plot(metodo,plantio,​soma) 
 +interaction.plot(plantio,​metodo,​soma)
  
-Planos amostrais sugeridos :  +# Alguns graficos exploratorios para entender melhor ​as interacoes 
-  * Seleção de todas as árvores do primeiro bloco para análise de raízes finas e grossas. +boxplot(soma[plantio=="​empresa"​]~metodo[plantio=="​empresa"​]) 
-  * Seleção de duas árvores por parcela, em toda área do experimento,​ para análise de raízes finas e grossas.+boxplot(soma[plantio=="​terceiro"​]~metodo[plantio=="​terceiro"​])
  
 +boxplot(soma[metodo=="​M1"​]~plantio[metodo=="​M1"​])
 +boxplot(soma[metodo=="​M2"​]~plantio[metodo=="​M2"​])
 +boxplot(soma[metodo=="​M3"​]~plantio[metodo=="​M3"​])
 +boxplot(soma[metodo=="​M4"​]~plantio[metodo=="​M4"​])
  
  
 +# Testes para verificar diferenças nos plantios dentro dos métodos
 +# Observação : como são dois niveis de plantio, o teste U de Mann-Whitney é um caso
 +# particular do kruskall-wallis e , portanto, não precisa fazer comparação multipla aqui
  
-==== Algumas Questões sobre o Experimento ====+# Nomes dos metodos 
 +m<​-levels(metodo)
  
-  * O padrão ​de mortes é aleatório no espaço ? +# loop que troca de metodos e testa diferencas entre os plantios 
-  * As mortes estão relacionadas aos fatores ? +for (i in 1:4) 
-  * Variáveis de raízes finas tem associação com variáveis de raízes grossas ?+
 +s<​-soma[metodo==m[i]] 
 +p<​-plantio[metodo==m[i]] 
 +print(paste("​metodo",​m[i])) 
 +print(kruskal.test(s~p)) 
 +}
  
  
 +# aqui vamos trocar de plantios e verificar as diferenças entre os métodos
 +n<​-levels(plantio)
  
-==== Dissertação do Valdeci ====+# loop que troca de plantios e testa as diferenças entre os métodos...aqui 
 +# já aproveito o embalo e faço as comparações multiplas com nível de significância 
 +# de 10%
  
-Divisão da dissertação do Valdeci em capítulos+for (i in 1:2) 
 +
 +s<​-soma[plantio==n[i]] 
 +p<​-metodo[plantio==n[i]] 
 +print(paste("​plantio",​n[i])) 
 +print(kruskal.test(s~p)) 
 +print(kruskalmc(s,​p,​prob=0.1)) 
 +}
  
-==== Capítulo 1 ==== 
  
-O objetivo é verificar a influência dos fatores no desenvolvimento geral da árvore, caracterizado pelo diâmetro e altura.+</​code>​
  
-   * Variáveis resposta: Diâmetro, altura e volume, sendo volume uma função de diâmetro e altura.+ ==== To Do List ====
  
-   ​* ​Fatores de variação: Responsável pelo plantio (E - Empresa , T - Terceirizado),​ Sistema de produção de mudas (tubete/​55cm3 com 6 meses, tubete/​55cm3 com 10 meses, tubete/​126cm3 com 6 meses, raiz nua). +   ​* ​Criar e preencher as planilhas ​para os Capítulos 1 e 2 (Valdeci)
- +
-Os tratamentos foram aleatorizados em 4 blocos com o objetivo de controlar a variação espacial pois há um leve declive no terreno. No total foram criadas 32 parcelas ​para receber ​os 8 tratamentos resultante das possíveis combinações entre os fatores controlados no experimento( Resp.plantio ​Sist.prod).  +
-   +
-Metodologia Estatística +
- +
-Será aplicado o modelo ANOVA para dois fatores em blocos inteiramente casualizados,​ adotando-se algum procedimento para controlar o número de mortos nas parcelas e seu efeito espacial nos resultados, caso este efeito exista. A hipótese existente para este efeito espacial é a de que parcelas com menor número de plantas oferecem mais espaço para o desenvolvimento da planta. +
- +
-Uma primeira abordagem para minimizar o efeito da  mortalidade é considerar o número de mortos na vizinhança (no máximo podem haver 8 mortos na vizinhança) como uma covariável (sugestão PJ). Devemos ter cuidado para declaração do modelo no R. +
- +
-As análises de variância serão feitas para diâmetro, altura e volume de forma  UNIVARIADA. Como volume é função de diâmetro e altura, devemos discutir se há necessidade ​ realmente de repetir a análise para esta variável. +
- +
- ==== Capítulo ​==== +
- +
-Para o capítulo 2, serão analisadas as características das raízes finas. Para esta finalidade, foi selecionada uma árvore por parcela, totalizando 4 por tratamento. Foi selecionada a árvore no centro da parcela e, quando esta estava morta, selecionou-se a próxima na ordem de numeração crescente de acordo com o croqui do experimento. +
- +
-Variáveis resposta: peso em gramas da raízes finas medidas em 4 posições. +
- +
-Fatores de variação: Responsável pelo plantio (E - Empresa , T - Terceirizado),​ Sistema de produção de mudas (tubete/​55cm3 com 6 meses, tubete/​55cm3 com 10 meses, tubete/​126cm3 com 6 meses, raiz nua)+
- +
- +
- +
- ==== Capítulo 3  ====+
  
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