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Diferenças

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pessoais:walmes:cursoragrarias2012 [2012/08/09 17:38]
walmes
pessoais:walmes:cursoragrarias2012 [2012/10/28 20:28] (atual)
walmes
Linha 121: Linha 121:
 === Material usado no curso === === Material usado no curso ===
  
-(Editar)+Diretório com arquivos de dados e scripts do curso: {{http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​}}
  
 === Cronograma de atividades do Curso === === Cronograma de atividades do Curso ===
Linha 128: Linha 128:
   * Tarde (T): 13:​30-15:​00,​ 15:​20-14:​30;​   * Tarde (T): 13:​30-15:​00,​ 15:​20-14:​30;​
  
-^  Data  ^  Atividade ​ ^  ​Extra  ^ +^  Data  ^  Atividade ​ ^  ​Script ​ ^ 
-| aula 01, 10/08 (M) sex | Informações gerais sobre à disciplina. ​Instalação do R. Primeiros ​passos ​e importação de dados | | +| aula 01, 10/08 (M) sex | Informações gerais sobre à disciplina. ​Introdução ao R, download, instação, primeiros ​passos[[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula1.R]] ​
-| aula 02, 10/09 (M) seg | | |  +| aula 02, 10/09 (M) seg | Importação de dados no formato texto. ​[[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula2.R]] ​|  
-| aula 03, 13/09 (M) qui | | | +| aula 03, 13/09 (M) qui | Importação e visualização de dados. ​[[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula3.R]] ​
-| aula 04, 14/09 (M) sex | | +| aula 04, 14/09 (M) sex | Aplicando filtros, selecionando subconjuntos e gráficos da lattice. ​[[http://www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula4.R]] ​
-| aula 05, 14/09 (T) sex | Exposição dos problemas de planejamento experimental+| aula 05, 22/10 (M) seg | Simulando dados, regressão polinomial e não linear. ​[[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula5.R]] ​
-| aula 06, 22/10 (M) seg | | | +| aula 06, 25/10 (M) qui | Análise de experimento com alternativas para satisfazer os pressupostos. ​[[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula6.R]] ​
-| aula 07, 25/10 (M) qui | | | +| aula 07, 26/10 (M) sex | Análise de experimento,​ ajuste de polinômio e modelos segmentados. ​[[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula7.R]] ​
-| aula 08, 26/10 (M) sex | | | +| aula 08, 01/11 (M) qui Programado: aula teórica análise contagem e proporção. ​| | 
-| aula 09, 01/11 (M) qua | | | +| aula 0901/11 (Tqui Programado: exposição dos casos experimentais. ​| | 
-| aula 1014/11 (Mqua | | | +| aula 1028/11 (M) qua | Programado: ​(08:00-12:00exposição das análises dos dados. | |
-| aula 1114/11 (M) qua | | | +
-| aula 12, 19/11 (Mseg | Defesa do planejamento experimental. | | +
-| aula 13, 19/11 (T) seg | Defesa do planejamento experimental. | |+
  
 === Vídeos === === Vídeos ===
Linha 150: Linha 147:
   * {{http://​www.r-tutor.com/​elementary-statistics/​hypothesis-testing|Hypotesis test with R}};   * {{http://​www.r-tutor.com/​elementary-statistics/​hypothesis-testing|Hypotesis test with R}};
  
 +=== Código ===
 +
 +<​code>​
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------
 +
 +vol <- read.table("​http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​data/​volume.txt",​
 +                  header=TRUE,​ sep="​\t"​)
 +str(vol)
 +vol$dos <- factor(vol$dose)
 +
 +xyplot(volu~dose|gen,​ data=vol)
 +
 +m0 <- aov(volu~gen+dos+gen:​dos,​ data=vol)
 +anova(m0)
 +
 +par(mfrow=c(2,​2));​ plot(m0); layout(1)
 +
 +boxcox(m0)
 +
 +m1 <- aov((volu^(1/​3))~gen+dos+gen:​dos,​ data=vol)
 +par(mfrow=c(2,​2));​ plot(m1); layout(1)
 +anova(m1)
 +
 +with(vol, fat2.crd(gen,​ dos, volu^(1/3), mcomp=c("​sk","​tukey"​)))
 +
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------
 +
 +plot(residuals(m0)~vol$dos)
 +plot(residuals(m0)~vol$dose)
 +
 +qqmath(~residuals(m0)|vol$dose)
 +
 +pesos <- tapply(residuals(m0),​ vol$dose, var)
 +vol$pesos <- rep(pesos, each=27)
 +
 +m2 <- aov(volu~gen+dos+gen:​dos,​ data=vol, weights=1/​vol$pesos)
 +par(mfrow=c(2,​2));​ plot(m2); layout(1)
 +anova(m2)
 +
 +require(doBy)
 +
 +popMeans(m2,​ effect="​gen"​)
 +popMeans(m2,​ effect="​dos"​)
 +popMeans(m2,​ effect=c("​gen",​ "​dos"​))
 +
 +require(agricolae)
 +glr <- df.residual(m2)
 +s2 <- deviance(m2)/​df.residual(m2)
 +
 +with(subset(vol,​ dose=="​0"​),​
 +     ​HSD.test(volu,​ gen, DFerror=glr,​ MSerror=pesos[1]*s2))
 +
 +with(subset(vol,​ dose=="​5"​),​
 +     ​HSD.test(volu,​ gen, DFerror=glr,​ MSerror=pesos[2]*s2))
 +
 +with(subset(vol,​ dose=="​25"​),​
 +     ​HSD.test(volu,​ gen, DFerror=glr,​ MSerror=pesos[3]*s2))
 +
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------
 +# dose em cada genótipo
 +
 +X <- popMatrix(m2,​ effect=c("​gen",​ "​dos"​))
 +contr <- expand.grid(gen=levels(vol$gen),​ dos=levels(vol$dos))
 +which(contr$gen=="​ATF06B"​)
 +
 +contr.x <- rbind("​0vs5"​=X[1,​]-X[10,​],​
 +                 "​0vs25"​=X[1,​]-X[19,​],​
 +                 "​5vs25"​=X[10,​]-X[19,​])
 +contr.x%*%coef(m2) # estimativas dos contrastes
 +contr.x%*%vcov(m2)%*%t(contr.x)
 +
 +summary(glht(m2,​ linfct=contr.x))
 +
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------
 +# fizemos isso para um único nível de gen, o código abaixo faz para todos
 +
 +lM <- lapply(levels(vol$gen),​
 +             ​function(g){
 +               ​X[contr$gen==g,​]
 +             })
 +lM
 +
 +com <- combn(3, 2)
 +
 +compr <- lapply(lM,
 +                function(i){
 +                  m <- t(apply(com,​ 2, function(j) i[j[1],​]-i[j[2],​]))
 +                })
 +names(compr) <- levels(vol$gen)
 +compr
 +
 +lapply(compr,​ function(g) summary(glht(m2,​ linfct=g)))
 +
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------
 +# colocando os resultados em um gráfico com IC
 +
 +IC <- lapply(compr,​ function(g) confint(glht(m2,​ linfct=g)))
 +IC <- lapply(IC, "​[[",​ "​confint"​) #​IC[[1]]$confint
 +IC <- do.call(rbind,​ IC)
 +nm <- apply(com, 2, function(i) paste(levels(vol$dos)[i[1]],​ levels(vol$dos)[i[2]],​ sep="​vs"​))
 +
 +IC <- cbind(expand.grid(compr=nm,​ gen=levels(vol$gen)),​ IC)
 +str(IC)
 +
 +require(latticeExtra)
 +
 +segplot(compr~lwr+upr|gen,​ data=IC)
 +
 +segplot(compr~lwr+upr|gen,​ data=IC, layout=c(1,​9),​
 +        strip.left=TRUE,​ strip=FALSE,​
 +        draw.bands=FALSE,​ centers=Estimate,​
 +        segments.fun=panel.arrows,​ ends="​both",​
 +        angle=90, length=1, unit="​mm"​)
 +
 +segplot(compr~lwr+upr|gen,​ data=IC, layout=c(1,​9),​
 +        strip.left=TRUE,​ strip=FALSE,​
 +        draw.bands=FALSE,​ centers=Estimate,​
 +        segments.fun=panel.arrows,​ ends="​both",​
 +        angle=90, length=1, unit="​mm",​
 +        panel=function(...){
 +          panel.segplot(...)
 +          panel.abline(v=0,​ col=2)
 +        })
 +
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------
 +
 +</​code>​

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