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 ====== CE-718: Métodos Computacionalmente Intensivos ====== ====== CE-718: Métodos Computacionalmente Intensivos ======
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 +<​note>​
 +Arquivos/​páginas serão atualizados durante o curso.
 +</​note>​
  
 ===== Detalhes da oferta da disciplina ===== ===== Detalhes da oferta da disciplina =====
-  - **Período:​** ​terceiro ​trimestre de 2009, no programa [[http://​www.cpgmne.ufpr.br|PGMNE]] (Pós Graduação em Métodos Numéricos em Engenharia)+  - **Período:​** ​segundo ​trimestre de 2011, no programa [[http://​www.cpgmne.ufpr.br|PGMNE]] (Pós Graduação em Métodos Numéricos em Engenharia)
   - **Matrículas e informações:​** com Maristela, na secretaria do PGMNE    - **Matrículas e informações:​** com Maristela, na secretaria do PGMNE 
   - **Professor Responsável:​** [[http://​www.leg.ufpr.br/​~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]], ([[http://​www.leg.ufpr.br|LEG:​ Laboratório de Estatística e Geoinformação]])   - **Professor Responsável:​** [[http://​www.leg.ufpr.br/​~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Jr]], ([[http://​www.leg.ufpr.br|LEG:​ Laboratório de Estatística e Geoinformação]])
   - **Horários e Locais:**   - **Horários e Locais:**
     * As aulas serão no LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação)     * As aulas serão no LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação)
-    * Horário: Terças ​e Quintas16:00 às 18:00 +    * Horário: Terças, ​9:00 - 12:00 
-    * **Atenção:​** A primeira aula do curso na //​terça, ​29/09/2009//.+    * **Atenção:​** A primeira aula do curso na //​terça, ​31/05/2011//.
   - **Avaliação:​** a ser definida   - **Avaliação:​** a ser definida
  
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   * {{:​projetos:​mci:​cimnotes.pdf|Notas para o curso}}   * {{:​projetos:​mci:​cimnotes.pdf|Notas para o curso}}
 Entretanto vários materiais adicionais serão utilizados e/ou montados ao longo do curso. (ver na pagina do LEG a sessão de MCI) Entretanto vários materiais adicionais serão utilizados e/ou montados ao longo do curso. (ver na pagina do LEG a sessão de MCI)
-  * {{:​disciplinas:​ce718:​cim_0.0.1.tar.gz|Pacote com codigos ​e dados}} das notas de aula +  * {{:​disciplinas:​ce718:​cim_0.0.1.tar.gz|Pacote com códigos ​e dados}} das notas de aula 
-  * [[projetos:​mci|Coleção de Exemplos de Métodos Computacionalmente Intensivos]] (estes ​materiasi ​foram produzidos em anos/​estudos anteriores e deverão ser estudados, **corrigidos se necessário**,​ expandidos, discutidos, etc)+  * [[projetos:​mci|Coleção de Exemplos de Métodos Computacionalmente Intensivos]] (estes ​materiais ​foram produzidos em anos/​estudos anteriores e deverão ser estudados, **corrigidos se necessário**,​ expandidos, discutidos, etc)
  
 ==== Materiais relacionados ==== ==== Materiais relacionados ====
-  * Os [[http://​www.leg.ufpr.br/​doku.php/​disciplinas:​ce709|materiais sobre verossimilhança e inferência]] podem ser úteis para consultas. De certa forma este curso  de MCI via atacar problemas ​omnde os métodos analíticos ou numéricos de inferência não são suficientes. ​+  * Os [[http://​www.leg.ufpr.br/​doku.php/​disciplinas:​ce709|materiais sobre verossimilhança e inferência]] podem ser úteis para consultas. De certa forma este curso  de MCI via atacar problemas ​nos quais os métodos analíticos ou numéricos de inferência não são suficientes. ​
  
 ===== Referências Bibliográficas ===== ===== Referências Bibliográficas =====
  
 +<​bibtex>​
 +@book{robert_introducing_2009,​
 + edition = {1},
 + title = {Introducing Monte Carlo Methods with R},
 + isbn = {9781441915757},​
 + publisher = {Springer Verlag},
 + author = {Christian P. Robert and George Casella},
 + month = dec,
 + year = {2009}
 +},
  
  
-__**ATENÇÃO:**__ arquivos/páginas poderão atualizados durante o curso.+@book{gamerman_markov_2006,​ 
 + edition = {2}, 
 + title = {Markov Chain Monte CarloStochastic Simulation for Bayesian Inference, Second Edition}, 
 + isbn = {1584885874},​ 
 + shorttitle = {Markov Chain Monte Carlo}, 
 + publisher = {Chapman and {Hall/CRC}}, 
 + author = {Dani Gamerman and Hedibert FLopes}, 
 + month = may, 
 + year = {2006} 
 +},
  
 +@book{albert_bayesian_2009,​
 + edition = {2nd ed.},
 + title = {Bayesian Computation with R},
 + isbn = {0387922970},​
 + publisher = {Springer},
 + author = {Jim Albert},
 + month = may,
 + year = {2009}
 +},
 +
 +@book{gelman_bayesian_2003,​
 + edition = {2},
 + title = {Bayesian Data Analysis, Second Edition},
 + isbn = {9781584883883},​
 + publisher = {Chapman and {Hall/​CRC}},​
 + author = {Andrew Gelman and John B. Carlin and Hal S. Stern and Donald B. Rubin},
 + month = jul,
 + year = {2003}
 +},
 +
 +@book{carlin_bayesian_2008,​
 + edition = {3},
 + title = {Bayesian Methods for Data Analysis, Third Edition},
 + isbn = {1584886978},​
 + publisher = {Chapman and {Hall/​CRC}},​
 + author = {Bradley P. Carlin and Thomas A. Louis},
 + month = jun,
 + year = {2008}
 +},
 +
 +@book{robert_introducing_2009,​
 + edition = {1},
 + title = {Introducing Monte Carlo Methods with R},
 + isbn = {9781441915757},​
 + publisher = {Springer Verlag},
 + author = {Christian P. Robert and George Casella},
 + month = dec,
 + year = {2009}
 +},
 +
 +@book{gilks_markov_1995,​
 + edition = {1},
 + title = {Markov Chain Monte Carlo in Practice},
 + isbn = {0412055511},​
 + publisher = {Chapman and {Hall/​CRC}},​
 + author = {{W.R.} Gilks and S. Richardson and David Spiegelhalter},​
 + month = dec,
 + year = {1995}
 +},
 +
 +
 +@book{robert_monte_2004,​
 + edition = {2nd},
 + title = {Monte Carlo Statistical Methods},
 + isbn = {0387212396},​
 + publisher = {Springer},
 + author = {Christian Robert and George Casella},
 + month = jul,
 + year = {2004}
 +},
 +
 +@book{manly_randomization_2006,​
 + edition = {3},
 + title = {Randomization,​ Bootstrap and Monte Carlo Methods in Biology, Third Edition},
 + isbn = {9781584885412},​
 + publisher = {Chapman and {Hall/​CRC}},​
 + author = {Bryan {F.J.} Manly},
 + month = aug,
 + year = {2006}
 +}
 +
 +
 +@book{gentle_handbook_2004,​
 + edition = {1},
 + title = {Handbook of Computational Statistics},​
 + isbn = {3540404643},​
 + publisher = {Springer},
 + author = {{J.E.} Gentle and Wolfgang {HSrdle}},
 + month = aug,
 + year = {2004}
 +},
 +
 +@book{kroese_handbook_2011,​
 + edition = {1},
 + title = {Handbook of Monte Carlo Methods},
 + isbn = {9780470177938},​
 + publisher = {Wiley},
 + author = {Dirk P. Kroese and Thomas Taimre and Zdravko I. Botev},
 + month = mar,
 + year = {2011}
 +},
 +
 +@book{suess_introduction_2010,​
 + edition = {1st Edition.},
 + title = {Introduction to Probability Simulation and Gibbs Sampling with R},
 + isbn = {{038740273X}},​
 + publisher = {Springer},
 + author = {Eric A. Suess and Bruce E. Trumbo},
 + month = jun,
 + year = {2010}
 +},
 +
 +@book{kalos_monte_2008,​
 + edition = {2},
 + title = {Monte Carlo Methods},
 + isbn = {{352740760X}},​
 + publisher = {{Wiley-VCH}},​
 + author = {Malvin H. Kalos and Paula A. Whitlock},
 + month = nov,
 + year = {2008}
 +},
 +
 +@book{monahan_numerical_2011,​
 + edition = {2},
 + title = {Numerical Methods of Statistics},​
 + isbn = {0521139511},​
 + publisher = {Cambridge University Press},
 + author = {John F. Monahan},
 + month = apr,
 + year = {2011}
 +},
 +
 +@book{gentle_random_2003,​
 + edition = {2nd},
 + title = {Random Number Generation and Monte Carlo Methods},
 + isbn = {0387001786},​
 + publisher = {Springer},
 + author = {James E. Gentle},
 + month = jun,
 + year = {2003}
 +}
 +
 +</​bibtex>​
  
 ===== Programas computacionais ===== ===== Programas computacionais =====
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     - [[http://​www.r-project.org|The R project for Statistical Computing]]:​ página do programa **R**     - [[http://​www.r-project.org|The R project for Statistical Computing]]:​ página do programa **R**
     - [[http://​leg.ufpr.br/​~paulojus/​embrapa/​Rembrapa|Um material sobre o uso do R]]     - [[http://​leg.ufpr.br/​~paulojus/​embrapa/​Rembrapa|Um material sobre o uso do R]]
-    - pacotes do **R**: [[http://​www.leg.ufpr.br/​geoR|geoR]] e [[http://​www.leg.ufpr.br/​geoRglm|geoRglm]] 
   * Recursos auxiliares   * Recursos auxiliares
     - Editor de texto <​latex>​\LaTeX</​latex>:​ O [[http://​www.miktex.org|MiKTeX]] disponibiliza arquivos de instalação para ambiente Windows     - Editor de texto <​latex>​\LaTeX</​latex>:​ O [[http://​www.miktex.org|MiKTeX]] disponibiliza arquivos de instalação para ambiente Windows
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 ===== Histórico das aulas e atividades recomendadas ===== ===== Histórico das aulas e atividades recomendadas =====
-Veja aqui o [[disciplinas:​ce718:​historico2009|histórico das aulas]] do curso.+Veja aqui o [[disciplinas:​ce718:​historico2011|histórico das aulas]] do curso.
  
 ===== Atividades do curso ===== ===== Atividades do curso =====
  
-[[disciplinas:​ce718:​atividades2009|Atividades dos participantes]]+[[disciplinas:​ce718:​atividades2011|Atividades dos participantes]]
  
 ===== Espaço Aberto ===== ===== Espaço Aberto =====
  
-[[disciplinas:​ce718:​aberto2009|Página aberta]] para edição pelos participantes do curso.+[[disciplinas:​ce718:​aberto2011|Página aberta]] para edição pelos participantes do curso. 
 + 
 +===== Links ===== 
 + 
 +== Aproximação de Laplace == 
 +  * {{http://​www.stats.ox.ac.uk/​~steffen/​teaching/​bs2HT9/​laplace.pdf|Laplace'​s Method of Integration - Ste en Lauritzen}};​ 
 +  * {{http://​www.stanford.edu/​~mch/​harding-hausman-laplace.pdf|Using a Laplace Approximation to Estimate the Random Coefficients Logit Model by Non-linear Least Squares}};​ 
 +  * {{http://​www.cemmap.ac.uk/​wps/​cwp0601.pdf|USING A LAPLACE APPROXIMATION TO ESTIMATE THE RANDOM COEFFICIENTS LOGIT MODEL BY NON-LINEAR LEAST SQUARES}};​ 
 +  * {{http://​www.cs.berkeley.edu/​~jordan/​courses/​260-spring10/​lectures/​lecture16.pdf|Laplace approximation review}}; 
 +  * {{http://​www.cs.toronto.edu/​~mackay/​itprnn/​ps/​343.344.pdf|Laplace'​s Method}}; 
 +  * {{http://​www.ece.rice.edu/​~vc3/​elec633/​graphical_models_notes_091108.pdf|Laplace Approximation}};​ 
 +  * {{http://​galton.uchicago.edu/​~pmcc/​pubs/​paper26.pdf|Laplace approximation of high dimensional integrals}};​ 
 +  * {{http://​support.sas.com/​documentation/​cdl/​en/​statug/​63347/​HTML/​default/​viewer.htm#​statug_glimmix_a0000001432.htm|Maximum Likelihood Estimation Based on Laplace Approximation}};​ 
 +  * {{http://​statmath.wu.ac.at/​research/​talks/​resources/​MultIRT.pdf|Fitting Multidimensional Latent Variable Models using an Efficient Laplace Approximation}};​ 
 +  * {{http://​prin08.uniud.it/​tl_files/​prin08/​upload/​papers/​2010_3.pdf|LAPLACE APPROXIMATION IN MEASUREMENT ERROR MODELS}}; 
 +  * {{http://​www.unc.edu/​~vangelis/​files/​sglmmlapl.pdf|Asymptotic inference for Spatial GLMM using high order Laplace approximation}};​ 
 +  * {{http://​www.jstor.org/​pss/​1390617}};​ 
 +  * {{http://​digitalcommons.unl.edu/​cgi/​viewcontent.cgi?​article=1003&​context=statisticsdiss&​sei-redir=1#​search=%22laplace%20approximation%20integral%22|FULLY EXPONENTIAL LAPLACE APPROXIMATION EM ALGORITHM FOR NONLINEAR MIXED EFFECTS MODELS}}; 
 +  * {{http://​proquest.umi.com/​pqdlink?​Ver=1&​Exp=07-02-2016&​FMT=7&​DID=1188875391&​RQT=309&​attempt=1&​cfc=1|Applications of Laplace approximation for hierarchical generalized linear models in educational research}};​ 
 +  * {{http://​people.math.aau.dk/​~rw/​Undervisning/​Topics/​Handouts/​6.hand.pdf|Computation of the likelihood function for GLMMs}}; 
 +  * {{http://​www.ansci.wisc.edu/​morota/​beamer/​computing.pdf|Computing:​ Generalized,​ Linear, and Mixed Models}}; 
 +  * {{http://​jmlr.csail.mit.edu/​papers/​volume12/​cseke11a/​cseke11a.pdf|Approximate Marginals in Latent Gaussian Models}}; 
 +  * {{http://​biowww.dfci.harvard.edu/​~yili/​spa1.pdf|Modeling Spatial Survival Data Using Semiparametric Frailty Models}}; 
 +  * {{http://​actuaryzhang.com/​seminar/​topic5_mcmc.pdf|Markov Chain Monte Carlo Methods}};​ 
 +  * 8-O{{http://​dirk.eddelbuettel.com/​blog/​2011/​07/​05/#​rcppeigen_introduction|Even faster linear model fits with R using RcppEigen}};​ 
 +  * {{http://​dirk.eddelbuettel.com/​blog/​2011/​07/​14/#​rcpp_gibbs_example|MCMC and faster Gibbs Sampling using Rcpp}}; 
 +  * {{http://​darrenjw.wordpress.com/​2011/​07/​16/​gibbs-sampler-in-various-languages-revisited|Gibbs sampler in various languages (revisited)}};​ 
 + 
 +== Métodos Monte Carlo == 
 +  * {{http://​elsa.berkeley.edu/​reprints/​misc/​understanding.pdf|Understanding the Metropolis-Hastings Algorithm}};​ 
 +  * {{http://​www.econ.upenn.edu/​~jesusfv/​LectureNotes_7_MH|Metropolis-Hasting Algorithm - Jesús Fernández-Villaverde}};​ 
 +  * {{http://​www.dme.ufrj.br/​marina/​MCMC.pdf| MCMC - Marina}}; 
 +  * {{http://​www.maths.bris.ac.uk/​~manpw/​teaching/​folien1.pdf|Monte Carlo Methods: Lecture 1: Introduction - Nick Whiteley}};​ 
 +  * {{http://​www.maths.bris.ac.uk/​~manpw/​teaching/​folien2.pdf|Monte Carlo Methods: Lecture 2: Transformation and Rejection - Nick Whiteley}};​ 
 +  * {{http://​www.maths.bris.ac.uk/​~manpw/​teaching/​folien3.pdf|Monte Carlo Methods: Lecture 3: Importance Sampling - Nick Whiteley}};​ 
 +  * {{http://​www.maths.bris.ac.uk/​~manpw/​teaching/​folien45.pdf|Monte Carlo Methods: Lectures 5 & 6: The Gibbs Sampler - Nick Whiteley}};​ 
 +  * {{http://​www.maths.bris.ac.uk/​~manpw/​teaching/​folien6.pdf|Monte Carlo Methods: Lecture 7: The Metropolis-Hastings Algorithm - Nick Whiteley}};​ 
 +  * {{http://​www.maths.bris.ac.uk/​~manpw/​teaching/​folien78.pdf|Monte Carlo Methods:: Lectures 9 & 10: Combining Kernels, Convergence Diagnostics - Nick Whiteley}};​ 
 +  * {{http://​www.maths.bris.ac.uk/​~manpw/​teaching/​folien9.pdf|Monte Carlo Methods: Reversible Jump MCMC - Nick Whiteley}};​ 
 +  * {{http://​www.maths.bris.ac.uk/​~manpw/​teaching/​notes.pdf|Monte Carlo Methods - Lecture Notes - Edited by Nick Whiteley}};​ 
 +  * {{http://​www.icmc.usp.br/​~ehlers/​SME0809/​praticas/​node18.html|Algoritmo de Metropolis-Hastings}};​ 
 +  * {{http://​www.people.fas.harvard.edu/​~plam/​teaching/​methods/​mcmc/​mcmc.pdf|MCMC Methods: Gibbs Sampling and the Metropolis-Hastings Algorithm - Patrick Lam}}; 
 +  * {{http://​www.maths.manchester.ac.uk/​~pneal/​CIS/​CIS2007.html|Computationally Intensive Statistics 2010/​2011}};​ 
 +  * {{http://​www.maths.manchester.ac.uk/​~pneal/​statscomp.html|Statistical Computing 2010/​2011}};​ 
 +  * {{http://​www.lisa.stat.vt.edu/?​q=node/​1784|Bayesian Methods for Regression in R - Nels Johnson}};​ 
 + 
 +== Algorítmo EM == 
 +  * [[http://​www.leg.ufpr.br/​~paulojus/​EM|Link para diversos artigos e materiais sobre EM]] 
 +  * Outros em modelos não lineares: 
 +    * [[http://​www.jstor.org/​stable/​2533054|Walker]]:​ An EM Algorithm for Nonlinear Random Effects Models 
 +    * [[http://​bmsr.usc.edu/​Core%20Research/​dzd/​6614.pdf|Wang et al.]]: Nonlinear random effects mixture models: Maximum likelihood estimation via the EM algorithm 
 +    * [[http://​dl.acm.org/​citation.cfm?​id=1225091|Wang]]:​ EM algorithms for nonlinear mixed effects models 
 +    * [[http://​fedc.wiwi.hu-berlin.de/​xplore/​ebooks/​html/​csa/​node45.html|material online]]
  

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