===== AF-722: Modelagem e análise de dados experimentais com o programa computacional R =====
SEMINÁRIOS FINAIS no dia 08/08, 13h30.
Tempo para apresentação de 15 à 20 minutos com 10 minutos para questionamentos.
{{ http://www.maths.qmul.ac.uk/sites/default/files/styles/news_image/public/news-images/bailey_habman2.jpg|}}
==== Detalhes da oferta da disciplina ====
* Professor: [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes|Walmes Marques Zeviani]], ([[http://www.leg.ufpr.br|LEG: Laboratório de Estatística e Geoinformação]])
* Curso: Aberto para alunos de pós-graduação.
* Pré-requisito: Estatística Experimental.
* Período: 2014, 1 trimestre.
* Local: UFPR, Campus I - Agrárias.
* Horário: Sexta-feira, 14h00-17h00.
* Atendimento da monitoria:
* Vanessa Sehaber: Qua 9h00-12h00, LEG - Centro Politécnico ([[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/ensino/legmapa.png|mapa]]);
* Henrique Laureano: Qui 14h00-17h00, LEMID - Agrárias;
* Cartão de referência: {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/guia_rapido_R.pdf|Guia rápido do usuário R}} - tradução por Conrado Oliveira (ex-aluno).
-----
==== Referências bibliográficas ====
=== Tutoriais curtos ===
* {{http://www.uft.edu.br/engambiental/prof/catalunha/arquivos/r/r_bruno.pdf|Silva, Diniz & Bortoluzzi - Minicurso de Estatística Básica: Introdução ao R}};
* Souza, Peternelli & Mello - Software Livre R: aplicação estatística, www2.ufersa.edu.br/portal/view/uploads/setores/137/Apostilas e Tutoriais - R Project/Apostila R - GenMelhor.pdf
- Fundamentos da linguagem;
- Estatística básica e análise gráfica;
- Modelos de regressão;
- Estatística Experimental.
@TechReport{ribeiro_jr-leg,
url = {http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapa.pdf},
year = {2009},
author = {Paulo Justiniano {Ribeiro Júnior}},
title = {Introdução ao Ambiente Estatístico R}
}
@TechReport{faraway-cran,
url = {http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf},
year = {2002},
author = {Julian J. Faraway},
title = {Practical Regression and Anova using {R}}
}
@book{logan2011biostatistical,
title={Biostatistical Design and Analysis Using R: A Practical Guide},
author={Logan, M.},
isbn={9781444362473},
url={http://books.google.com.br/books?id=ZvOljlNiWGkC},
year={2011},
publisher={Wiley}
}
@book{faraway_linear_2005,
title = {Linear models with R},
isbn = {9781584884255},
publisher = {Chapman \& Hall/{CRC}},
author = {Julian James Faraway},
year = {2005},
pages = {244}
}
@book{faraway2005extending,
title={Extending the Linear Model with R: Generalized Linear, Mixed Effects and Nonparametric Regression Models},
author={Faraway, J.J.},
isbn={9780203492284},
series={Chapman \& Hall/CRC Texts in Statistical Science},
url={http://books.google.com.br/books?id=ODcRsWpGji4C},
year={2005},
publisher={Taylor \& Francis}
}
@book{schabenberger2001contemporary,
title={Contemporary Statistical Models for the Plant and Soil Sciences},
author={Schabenberger, O. and Pierce, F.J.},
isbn={9781584881117},
lccn={20043254},
url={http://books.google.com.br/books?id=c2Rr\_J7geGQC},
year={2001},
publisher={Taylor \& Francis}
}
@book{dean2013design,
title={Design and Analysis of Experiments},
author={Dean, A.M. and Voss, D.},
isbn={9781475772920},
series={Springer Texts in Statistics},
url={http://books.google.com.br/books?id=GnI\_nwEACAAJ},
year={2013},
publisher={Springer New York}
}
@book{venables_modern_2002,
title = {Modern applied statistics with S},
isbn = {9780387954578},
publisher = {Birkhäuser},
author = {William N. Venables and Brian D. Ripley},
year = {2002},
pages = {518}
}
@book{hay2011r,
title={An R Companion to Linear Statistical Models},
author={Hay-Jahans, C.},
isbn={9781439873656},
lccn={2011039833},
url={http://books.google.com.br/books?id=nNhesIrJ\_PoC},
year={2011},
publisher={Taylor \& Francis}
}
@book{matloff2011art,
title={The Art of R Programming: A Tour of Statistical Software Design},
author={Matloff, N. and Matloff, N.S.},
isbn={9781593274108},
url={http://books.google.com.br/books?id=4jL3sfmP1l8C},
year={2011},
publisher={No Starch Press}
}
@book{everitt_handbook_2009,
edition = {2},
title = {A Handbook of Statistical Analyses Using R, Second Edition},
isbn = {1420079336},
publisher = {Chapman \& Hall},
author = {Brian S. Everitt and Torsten Hothorn},
month = jul,
year = {2009}
}
@book{dalgaard_introductory_2008,
edition = {2nd},
title = {Introductory Statistics with R},
isbn = {0387790535},
publisher = {Springer},
author = {Peter Dalgaard},
month = aug,
year = {2008}
}
@book{dobson_introduction_2008,
edition = {3},
title = {An Introduction to Generalized Linear Models, Third Edition},
isbn = {1584889500},
publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
author = {Annette J. Dobson and Adrian Barnett},
month = may,
year = {2008}
}
@book{ritz_nonlinear_2008,
edition = {1},
title = {Nonlinear Regression with R},
isbn = {0387096159},
publisher = {Springer},
author = {Christian Ritz and Jens Carl Streibig},
month = nov,
year = {2008}
}
@book{sarkar_lattice:_2008,
edition = {1},
title = {Lattice: Multivariate Data Visualization with R},
isbn = {0387759689},
publisher = {Springer},
author = {Deepayan Sarkar},
month = mar,
year = {2008}
}
@book{murrell_r_2005,
edition = {1},
title = {R Graphics},
isbn = {{158488486X}},
publisher = {Chapman and {Hall/CRC}},
author = {Paul Murrell},
month = jul,
year = {2005}
}
----
==== Links úteis =====
== Download e instalação do R e editores ==
* {{http://cran.r-project.org/bin/windows/base/|R para Windows (executável)}};
* {{http://andersonmedeiros.com/download-instalacao-sistema-r/|Tutorial de instalação do R para Windows}};
* {{http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/|R para Ubuntu (instruções)}};
* {{http://www.rstudio.com/ide/download/desktop|RStudio}};
* {{http://vgoulet.act.ulaval.ca/en/emacs/|Emacs para Windows (executável)}};
* {{https://github.com/walmes/emacs|Tutorial para instalar Emacs no Ubuntu e arquivos de configuração (.emacs)}}
* {{http://sourceforge.net/projects/tinn-r/|Tinn-R (somente Windows)}};
* {{https://www.youtube.com/watch?v=-SH3qHL2f1g|Vídeo de instalação R, Studio e Rcommander}};
== Cartões de referência para regressão ==
* {{http://www2.kenyon.edu/Depts/Math/hartlaub/Math305%20Fall2011/R.htm|Resumo de comandos R e pacotes para regressão}};
* {{http://cran.r-project.org/doc/contrib/Ricci-refcard-regression.pdf|Cartão de referência para regressão}};
== Regressão e medidas de diagnóstico ==
* {{http://www.stats.ox.ac.uk/~burke/Linear%20Models/Linear%20Models%20Notes.pdf|Slides de curso completo de Regressão Linear}};
* {{http://statweb.stanford.edu/~jtaylo/courses/stats203/notes/diagnostics.pdf|Slides de medidas de diagnóstico}};
* {{http://www.stat.purdue.edu/~jennings/stat514/stat512notes/topic5.pdf|Resumo de medidas de diagnóstico}};
* {{http://courses.washington.edu/b515/l7.pdf|Exemplos de diagnóstico}};
* {{http://statweb.stanford.edu/~jtaylo/courses/stats203/notes/diagnostics.pdf|Resumo de medidas de diagnóstico (com exemplos)}}
== R e Markdown ==
* {{http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/using_markdown|Usando markdown com o RStudio}};
* {{https://github.com/adam-p/markdown-here/wiki/Markdown-Cheatsheet|Markdown: guia de sintaxe (1)}};
* {{http://support.iawriter.com/help/kb/general-questions/markdown-syntax-reference-guide|Markdown: guia de sintaxe (2)}};
* {{http://assemble.io/docs/Cheatsheet-Markdown.html|Markdown Cheatsheet}};
* {{http://yihui.name/knitr/options|Knitr: chunk options and package options}};
* {{http://www.screenr.com/qcv8|Using knitr in RStudio (Markdown and LaTeX)}} feito pelo desenvolvedor do Knitr, Yihui (video);
* {{https://onlinecourses.science.psu.edu/stat497r/node/173|Creating a more polished report using R markdown (video)}};
* {{https://www.youtube.com/watch?v=PF_YTIuGqSs|What is R Markdown? (video)}}
== Regressão não linear ==
* {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:walmes:mrnl2013|Curso em modelos de regressão não linear}} oferecido no RBRAS 2013;
* {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:walmes:conest2013|Curso em modelos de regressão não linear}} oferecido no CONEST 2013;
* {{http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:walmes:cursoruesc|Curso em modelos de regressão não linear}} oferecido aos docentes do Dpto de Ciências Exatas da UESC/BA;
----
==== Scripts, notas e documentos ====
{{url>http://www.leg.ufpr.br/~walmes/ensino/af722-2014-01/ 800px, 600px center}}
----
==== Histórico das Aulas do Curso ====
Abaixo o histórico de atividades realizadas em classe e atividades extra classe aplicadas.
- 14/03:
* Aula inicial, estrutura do curso, referências bibliográficas, horários, etc;
* Fundamentos do planejamento de experimento: experimentos vs estudos observacionais, repetição vs replicação, métodos de controle local;
* Modelo estatístico para representar os experimentos planejados, componentes e pressupostos do modelo, formas de estender o modelo;
* Falácias comuns à estatística experimental.
- 21/03:
* Fatores qualitativos e quantitativos;
* Fatores de efeito fixo e aleatório;
* Tipos de arranjos experimentais: fatorial completo/incompleto/fracionado, classificação hierárquica;
* Modelos estatísticos associados aos experimentos em DIC, DBC e DQL;
* Tipos de parametrização: zera 1º ou último nível, soma zero, Helmert;
* Usando o computador para casualizar unidades experimentais;
* Prática com o R para análise de experimentos em DIC, DBC e DQL.
- 28/03:
* Experimentos com amostragem dentro de parcelas;
* Modelos lineares de efeitos mistos;
* Prática com o R para análise de experimento em DQL 11x11 com 4 amostras por parcela;
* Análise dos resíduos e transformação da resposta (proporção amostral) por meio da família Box-Cox;
- 04/04:
* Regressão linear simples, polinomial e múltipla;
* Medidas de diagnóstico e avaliação dos pressupostos;
* Bandas de confiança e predição;
* Método stepwise para seleção de modelos;
- 11/04:
* Teste de Wald para hipóteses lineares;
* Análise de covariância.
- 25/04:
* Regressão não linear;
* Tipos de modelos, interpretação dos parâmetros;
* Pontos característicos dos modelos e unidades de medidas dos parâmetros;
* Especificação do modelo, estimativas, intervalos e bandas de confiança.
- 09/05:
* Experimentos com mais de um fator;
* Tipos de arranjos fatoriais: níveis cruzados, níveis aninhados, fatoriais incompletos e fatoriais fracionados.
* Análise, interpretação e representação dos resultados em gráficos.
- 16/05:
* Experimentos fatoriais com repetição dentro da parcela e perda de observações;
* Modelos de regressão linear (polinomial) para representar o efeito de fatores quantitativos em experimentos fatoriais.
- 23/05: (previsto)
* Modelos de regressão não linear para representar o efeito de fatores quantitativos em experimentos fatoriais;
- 30/05:
* Experimentos em parcelas subdivididas, casos no tempo e profundidade, estruturas de correlação.
- 06/06: (previsto)
* Análise conjunta de experimentos.
- 13/06: (previsto)
* Experimentos com resposta de contagem e proporção (glm).
----
==== Avaliações ====
=== Delineamento em DIC, DBC e DQL ===
* Ainda a definir método de avaliação;
=== Regressão linear simples e múltipla ===
* Fazer os exercícios do livro Applied Statistics and Probability for Engineers (5th) [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/MontgomeryASPE5th/ASPE5th.zip|(download)]] (senha: //ASPE5th//);
* A solução dos exercícios deve ser em forma de tutorial conforme o exemplo em arquivo *.Rmd disponível no [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/ensino/af722-2014-01/|diretório de arquivos do Curso]];
* A tabela com o nome dos alunos e respectivos exercício encontra-se abaixo do código R usado para aleatorizá-los;
* Os dados para os exercícios estão disponíveis no diretório [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/MontgomeryASPE5th/|walmes/data/MontgomeryASPE5th/]];
* Veja na sessão [[disciplinas:af722-2014-01#links_uteis|links úteis]] dessa página páginas de documentação do Markdown, do Knitr e tutoriais em vídeo;
* Assim que concluído, o arquivo *.Rmd e o diretório contendo as figuras devem ser comprimidos para aquivo *.zip ou equivalente e hospedado no datafilehost. O link para download dos arquivos deve ser fornecido em uma caixa de discussão ao final dessa página. O último nome do acadêmico deve **obrigatoriamente** ser usado como nome dos arquivos (ex: zeviani.Rmd, zeviani.zip).
* O prazo para envio é até às 12h00 do dia 25/04.
##-----------------------------------------------------------------------------
u <-
c("Coutinho", "Gonzales", "Velazco", "Lopes", "Utima",
"Nascimento", "Portugal", "Deiss", "Rickli", "Lima", "Forero",
"Pinotti", "Paladini", "Witt", "Cavalieri", "Procopiuk", "Triches",
"Roese", "Bedrij", "Nazareno")
e11 <-
c("11.10", "11.11", "11.12", "11.13", "11.14", "11.15", "11.17",
"11.35", "11.3", "11.4", "11.5", "11.60", "11.6", "11.70", "11.71",
"11.72", "11.73", "11.74", "11.76", "11.78", "11.79", "11.7",
"11.80", "11.81", "11.82", "11.83", "11.85", "11.86", "11.87",
"11.88", "11.8", "11.90", "11.91", "11.92", "11.94", "11.95",
"11.96", "11.9")
e12 <-
c("12.100", "12.104", "12.10", "12.11", "12.12", "12.13", "12.14",
"12.16", "12.17", "12.18", "12.19", "12.5", "12.6", "12.72",
"12.73", "12.74", "12.75", "12.7", "12.8", "12.96", "12.97",
"12.98", "12.99", "12.9")
## Sorteando.
set.seed(12345)
s11 <- c(sample(u, length(e11)-length(u)),
sample(u, length(u)))
s12 <- c(sample(u, length(e12)-length(u)),
sample(u, length(u)))
## Juntando e ordenando.
exerc <- data.frame(aluno=c(s11, s12), ex=c(e11, e12))
exerc <- exerc[with(exerc, order(aluno, ex)),]
nm <- max(table(exerc$aluno))
## Deixando no formato amplo.
e <-
as.data.frame(do.call(rbind,
lapply(split(exerc, exerc$aluno),
function(i){
v <- vector(mode="character", length=nm)
v[seq_along(i$ex)] <- as.character(i$ex)
v <- c(as.character(i$aluno[1]), v)
v
})))
names(e) <- c("Aluno", sprintf("Ex%i", 1:(ncol(e)-1)))
e[,-1]
Ex1 Ex2 Ex3 Ex4
Bedrij 11.72 11.78 12.12
Cavalieri 11.10 11.94 12.10 12.13
Coutinho 11.5 11.90 12.17
Deiss 11.14 11.9 12.11 12.98
Forero 11.4 11.81 12.7
Gonzales 11.60 11.91 12.74
Lima 11.70 11.82 12.72
Lopes 11.74 11.76 12.73
Nascimento 11.6 11.7 12.16
Nazareno 11.71 11.92 12.19
Paladini 11.86 12.100 12.97
Pinotti 11.73 11.95 12.6
Portugal 11.35 11.8 12.99
Procopiuk 11.13 11.80 12.18
Rickli 11.3 11.79 12.5
Roese 11.85 12.8
Triches 11.11 11.83 12.75
Utima 11.17 11.88 12.14
Velazco 11.15 11.87 12.104 12.9
Witt 11.12 11.96 12.96
Romano 11.13 11.79 12.72
##-----------------------------------------------------------------------------
----
==== Links para download de arquivos dos participantes ====
Passos para disponibilizar arquivos em [[http://www.leg.ufpr.br/doku.php/disciplinas:datafilehost|upload no DataFileHost]].
{{threads>pessoais:walmes:af722-2014-01:discussion}}
~~DISCUSSION~~