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dicas:r-compila [2010/11/09 14:28]
paulojus
dicas:r-compila [2012/06/27 11:11] (atual)
paulojus
Linha 6: Linha 6:
  
 Há dois tipos básicos de instalação:​ Há dois tipos básicos de instalação:​
-  - Instalando a partir de arquivos binários ​précompilados+  - Instalando a partir de arquivos binários ​pré-compilados
   - compilar a partir do arquivo fonte do R   - compilar a partir do arquivo fonte do R
  
Linha 23: Linha 23:
 $ chmod +x Rpatch.sh </​code>​ $ chmod +x Rpatch.sh </​code>​
   - se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <​code>​   - se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <​code>​
-Rver=2-10 </​code>​+Rver=2-15 </​code>​
   - ver as opções com <​code>​   - ver as opções com <​code>​
 $ sudo ./Rpatch.sh --help</​code>​ $ sudo ./Rpatch.sh --help</​code>​
Linha 30: Linha 30:
  
 Embora não exigido, também útil instalar outros pacotes do LINUX **antes** de compilar o R:<​code>​ Embora não exigido, também útil instalar outros pacotes do LINUX **antes** de compilar o R:<​code>​
-aptitude install ​ncftp2 ​acroread ess gedit-latex-plugin gnuhtml2latex latex-beamer prosper latex2html \+aptitude install ​ncftp acroread ess gedit-latex-plugin gnuhtml2latex latex-beamer prosper latex2html \
 latexdraw latex2rtf tex4ht recode gimp graphicsmagick imagemagick ​ latexdraw latex2rtf tex4ht recode gimp graphicsmagick imagemagick ​
  
-aptitude install aspell-pt-br aspell-en jython jython-doc ​mascyma ​maxima maxima-doc maxima-share src2tex \ +aptitude install aspell-pt-br aspell-en jython jython-doc maxima maxima-doc maxima-share src2tex ​yacas 
-wxmaxima xmaxima ​sympy yacas yacas-doc axiom axiom-databases ​axiom-doc axiom-graphics ​ axiom-graphics-data \ +wxmaxima xmaxima yacas yacas-doc ​open-axiom open-axiom-databases ​open-axiom-graphics ​open-axiom-graphics-data \ 
-axiom-hypertex axiom-hypertex-data axiom-test axiom-tex libaxiom-java python-axiom python-sympy ps2eps lilypond \+open-axiom-hypertex ​open-axiom-hypertex-data ​open-axiom-test axiom-tex libaxiom-java python-axiom python-sympy ps2eps lilypond \
 grace writer2latex openoffice.org-writer2latex ​ latex2rtf gnuhtml2latex jabref bibtex2html texlive-bibtex-extra \ grace writer2latex openoffice.org-writer2latex ​ latex2rtf gnuhtml2latex jabref bibtex2html texlive-bibtex-extra \
 ghostscript sgmltools-lite noweb dvipost chktex graphviz unrtf libxml2-dev ​ ghostscript sgmltools-lite noweb dvipost chktex graphviz unrtf libxml2-dev ​
Linha 42: Linha 42:
 libsm-dev libx11-dev libxau-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxt-dev \ libsm-dev libx11-dev libxau-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxt-dev \
 mesa-common-dev x11proto-core-dev x11proto-input-dev x11proto-kb-dev \ mesa-common-dev x11proto-core-dev x11proto-input-dev x11proto-kb-dev \
-x11proto-xext-dev ​xlibmesa-gl-dev xtrans-dev +x11proto-xext-dev ​xtrans-dev libtiff-opengl ivtools-dev tdl
 </​code>​ </​code>​
 +
 +== Sobre compilação e pacotes ==
 +
 +R-2.14.0 (and higher) comes with Luke Tierney'​s byte-compiler installed. Byte-compilation can speed up R computations by
 +a factor 5, although if your functions are just calls to compiled C code the speedup will be much
 +smaller. By default, only the required packages are byte-compiled. But if you set (in your bash profile)
 +
 +  export R_COMPILE_PKGS=1
 +
 +then all packages will byte-compile when installed. If you set
 +
 +  export R_ENABLE_JIT=3
 +
 +then all functions you define in your interactive or batch session will be byte-compiled the first time they
 +are entered into the workspace (and the same is true for all loops). \\
 +It should be noted that some contributed packages have namespace problems when byte-compiled.
 +
 +R-2.15.0 (i.e. R-devel) has parallel versions of Map() and mapply(). parallel makes fork or socket
 +cluster and has parallel random number generation. MPI clusters are handled (for now) by passing the
 +information to the snow package.
  
  

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