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cursos:rlavras:compilado [2008/11/02 13:33]
paulojus
cursos:rlavras:compilado [2008/11/02 16:30]
paulojus
Linha 2: Linha 2:
  
 Nas instruções a seguir os comandos precedidos de ''​$''​ devem ser digidados na linha de comando do Linux (ou análogo em outro sistema operacional),​ e os precedidos por ''>''​ devem ser digitados no R. Nas instruções a seguir os comandos precedidos de ''​$''​ devem ser digidados na linha de comando do Linux (ou análogo em outro sistema operacional),​ e os precedidos por ''>''​ devem ser digitados no R.
 +Os exemplo assumem que todos os arquivos estão no mesmo diretório (pasta) da área de trabalho da sessão do R.
  
 Códigos escritos e compilados em linguagens ''​C'',​ ''​C + +''​ ou ''​Fortran''​ podem ser chamados de dentro do R conforme ilustramos nos exemplos a seguir. Os passos básicos para tal procedimento são: Códigos escritos e compilados em linguagens ''​C'',​ ''​C + +''​ ou ''​Fortran''​ podem ser chamados de dentro do R conforme ilustramos nos exemplos a seguir. Os passos básicos para tal procedimento são:
Linha 11: Linha 12:
 ==== Exemplo 1 ==== ==== Exemplo 1 ====
 Considere escrever uma função em ''​C''​ para calcular valores da função de correlação de Matèrn. Esta função tem como argumento ''​u''​ e parâmetros <​latex>​$(\phi,​ \kappa)$</​latex>​ e é dada pela seguinte expressão:​\\ Considere escrever uma função em ''​C''​ para calcular valores da função de correlação de Matèrn. Esta função tem como argumento ''​u''​ e parâmetros <​latex>​$(\phi,​ \kappa)$</​latex>​ e é dada pela seguinte expressão:​\\
-<​latex>​$\rho(u) = \{2^{\kappa-1} \Gamma(\kappa)\}^{-1} (u/​\phi)^\kappa K_\kappa(u/​\phi).$</​latex>​ +<​latex>​$\rho(u) = \{2^{\kappa-1} \Gamma(\kappa)\}^{-1} (u/​\phi)^\kappa K_\kappa(u/​\phi).$</​latex>​\\ 
-No arquivo {{:​cursos:​rlavras:​clavras01.c|}} encontra-se um código ''​C''​ para calcular valores de uma versão padronizada desta função onde <​latex>​$\phi=1$</​latex>​.+No arquivo {{:​cursos:​rlavras:​clavras01.c|}} encontra-se um código ''​C''​ para calcular valores de uma versão padronizada desta função onde <​latex>​$\phi=1$</​latex>​.\\ 
 +O código ''​C''​ é compilado com:<​code>​$ R CMD SHLIB clavras01.c</​code>​ 
 +Este comando vai gerar um arquivo (biblioteca compartilhada) ''​clavras01.so''​ (''​.so''​ no linux ou ''​.dll''​ no windows) que deve ser carregado na sessão do R com: <code R>> dyn.load("​clavras01.so"​)</​code>​. 
 +Com isto a rotina ''​cormatern''​ definida no código ''​C''​ pode ser chamada na sessão do R como no exemplo a seguir:<​code R>> .C("​cormatern",​ as.integer(10),​ as.double(1:​10),​ as.double(1.5),​ res=as.double(rep(0,​10)))$res</​code>​ 
 + 
 +Complementarmente,​ pode-se definir uma função R que seja um //wrapper// para facilitar a chamada da rotina ''​C''​ <code R> 
 +"​matern"​ <- function(u, kappa){ 
 +  out <- .C("​cormatern",​ as.integer(length(u)),​ as.double(u),​ 
 +            as.double(kappa),​ res = as.double(rep(0,​length(u))))$res 
 +  return(out) 
 +
 + 
 +matern(1:​10,​ kappa=1.5) 
 +</​code>​
  
  
 ==== Exemplo 2 ==== ==== Exemplo 2 ====
-Considere agora uma extensão do exemplo anterior onde temos mais de um arquivo de código. Além do arquivo com código C anterior considere também o arquivo {{:​cursos:​rlavras:​clavras02.c|}} onde mais duas rotinas ​em  +Considere agora uma extensão do exemplo anterior onde temos mais de um arquivo de código. Além do arquivo com código ​''​C''​ do exemplo ​anterior considere também o arquivo {{:​cursos:​rlavras:​clavras02.c|}} onde mais duas rotinas ​são definidas. Os dois arquivos são compilados gerando um único arquivo de biblioteca compartilhada com o comando<​code>​$ R CMD SHLIB clavras01.c clavras01.c -o clavras.so</​code>​  
-  * {{:​cursos:​rlavras:clavras.r|}}+Desta forma as três rotinas em ''​C''​ ficam disponíveis no R após carregar a biblioteca compatilhada com <code R>> dyn.load("​clavras.so"​)</​code>​
  

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