====== Minicurso: Estatística Experimental com Software R ====== ===== Introdução ===== O planejamento, execução e análise de experimentos é uma competência do profissional das Ciências Agrárias. Para agilizar a análise dos dados obtidos nos experimentos, a utilização de recursos computacionais pode ser de grande utilidade. O curso objetiva analisar dados vinculados a estatística experimental, utilizando o software livre R. ===== Ministrantes: ===== * Prof. [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Junior]], LEG ([[http://www.leg.ufpr.br|Laboratório de Estatística e Geoinformação]]) da UFPR (Universidade Federal do Paraná) [[http://lattes.cnpq.br/0852938701434556 |CV]]\\ * Acad. Éder David Borges da Silva [[http://lattes.cnpq.br/0396395329182808|CV]] email: ederdbs@gmail.com \\ * Acad. Renato Gonçalves Oliveira [[http://lattes.cnpq.br/9299710374809073|CV]] \\ * Prof. Jomar Antonio Camarinha Filho [[http://lattes.cnpq.br/3704603458218333|CV]] \\ * Prof. Volnei Pauletti [[http://lattes.cnpq.br/2692374476950794 |CV]]\\ * Prof. Ricardo Augusto de Oliveira [[http://lattes.cnpq.br/9875173220511164|CV]]\\ ===== Cronograma ===== ^ Hora ^ Segunda \\ 10/05/2010 ^ Terça \\ 11/05/2010 ^ Quarta \\ 12/05/2010 ^ Quinta \\ 13/05/2010 ^ Sexta \\ 14/05/2010 ^ | **8 às 11:30** | Revisão de estatística básica \\ - Momentos de 1°, 2°, 3° e 4° ordem \\ - Modelos probabilísticos \\ - Intervalos de confiança \\ - Teste de Hipótese | Introdução a o software R \\ Instalação \\ Classes de dados \\ Manipulação de dados \\ Operadores lógicos \\ Seqüências | Manipulação de banco de dados \\ Delineamento em Blocos ao Acaso \\ Teste de Scott-Knott \\ Contrastes \\ Transformação de Dados | Delineamento em parcela sub-dividida \\ - Estudo do efeito principal \\ - Estudo dos efeitos secundários \\ - Estudo da interação entre os efeitos | Visita ao IAPAR* | | **Ministrante** | Prof. Paulo Justiniano Ribeiro Junior | Prof. Paulo Justiniano Ribeiro Junior | Éder Borges da Silva \\ Renato Gonçalves Oliveira | Éder Borges da Silva \\ Renato Gonçalves Oliveira |Prof. Volnei Pauletti \\ Prof. Juarez Gabardo | | **Local:** | LABEST | LABEST | LABEST | LABEST | Londrina | ^^^^^ Almoço ^^^^^^ | **13:30 ás 17:30** | Desenvolvimento e instalação de experimentos¹ \\ Delineamentos experimentais² \\ Tendências futuras na experimentação² \\ Uso de modelos mistos na experimentação³ | Análise de Variância \\ - Definição \\ - Pressupostos \\ Delineamento Inteiramente Casualizado \\ Teste de Tukey | Experimento em esquema Fatorial \\ - Estudo do efeito principal \\ - Estudo das interações duplas \\ - Estudo das interações triplas | Análise de regressão linear \\ - Univariada\\ - Múltipla\\ - Superfície de resposta\\ Análise de Regressão não linear | Visita à Embrapa Soja | | **Ministrante** | Prof. Volnei Pauletti¹ \\ Éder Borges da Silva² \\ Renato Gonçalves Oliveira² \\ Prof. Ricardo Augusto³ \\ | Prof. Jomar Camarinha | Éder Borges da Silva \\ Renato Gonçalves Oliveira | Éder Borges da Silva \\ Renato Gonçalves Oliveira | Prof. Volnei Pauletti \\ Prof. Juarez Gabardo | | **Local:** | LABEST | LABEST | LABEST | LABEST | Londrina | * Viagem sai do agrárias Quinta-feira às 23:30 e retornando sábado ás 7:00. ===== Materiais ===== O //download// dos arquivos abaixo **PODE NÃO FUNCIONAR** com o //internet explorer//. \\ ==== Material a ser utlizado durante o curso ==== - Materiais aulas R -- Prof. Paulo Justiniano * Dia 1: * {{:cursos:ragronomia:dados1.txt|arquivo de dados}} fictícios * {{:cursos:ragronomia:dia1-1.r|alguns comandos do R}} utilizados na aula * [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapase9.html#x11-570009| Analise Descritiva]] * [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/| R Embrapa]] ler Sessões 4 a 9 * Dia 2: * {{:cursos:ragronomia:dia2-1.r|alguns comandos do R}} utilizados na aula * [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/| R Embrapa]] ler Sessões 4 a 9 - Apresentação Prof. Volnei Pauletti * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/Volnei%20Pauletti%20-%20Instala%e7%e3o%20de%20experimentos%20a%20campo.pdf|Apresentação]] - Apresentações * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/XXXII%20Ciclo%20de%20Ataulizacao.pdf|Delineamentos]] * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/Exemplos analisados.pdf|Exemplos Analisados]] * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/Regressao.pdf|Regressão]] - Exemplos de análises de diferentes tipos de experimentos - Delineamento Inteiramente Casualizado * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/DIC.R|Script DIC]][[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo01.txt|Dados DIC]] - Script Geral do curso * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/Experimentacao%20com%20recursos%20computacionais.R|Script Geral]] - Delineamento Blocos ao Acaso * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo02.txt|Dados DBA]] - Transformação de dados * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo03.txt|Dados Trans]] - Esquema Fatorial * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/tripla.csv|Dados Tripla]] - Delineamento em Parcelas sub-divididas * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo07.txt|Dados Sub-Dividida]] - Regressão Linear * Dados no Script - Regressão Não Linear * Dados no Script - Algumas formas de salvar análises e figuras ## Salvando arquivo com resultados de análises sink("AnovaDIC.txt")# Com este comando é criado um arquivo de texto no Workspace do R dados.av<-aov(resp~trat) summary(dados.av)#Todas as saidas que apareceriam na tela agora vão ser salvas no arquivo sink()#Com este comando é fechado o arquivo texto com os resultados das analises ## Salvando graficos ## em jpg jpeg("grafico1.jpg") plot(x,y) dev.off() ## em pdf pdf("grafico2.pdf") plot(x,y) dev.off() ===== Exercicios Extras ===== === Delineamento Inteiramente Casualizado === Com o conjunto de dados "exemplo01E.txt", dados retirados do livro "Estatística Aplicada a pesquisa agícola" de Zimmermann (2006), o exemplo encontra-se na pagina 62 e foi modificado, os tratamentos são: \\ -Solo sem cultivo previo de arroz, com furadam \\ -Solo sem cultivo previo de arroz, sem furadam \\ -Solo sem cultivo previo de arroz, com herbicida \\ -Solo sem cultivo previo de arroz, sem herbicida \\ -Solo com cultivo previo de arroz, com herbicida \\ A variavel é materia seca por planta, em gramas, o experimento foi conduzido em casa de vegetação em vasos. Dado O exemplo, obtenha: a análise exploratoria dos dados, análise de variância, e teste de comparação multipla caso for necessario, e obtenha a comparação por contraste: \\ -Com versus sem cultivo previo \\ -Furadam versus herbicida \\ -Sem furadam versus sem herbida \\ * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo01E.txt|DIC Exe Dados]] === Delineamento em Blocos ao Acaso === Com o conjunto de dados "exemplo02E.txt" que contem dados de produtividade de trigo sobre diferentes doses de esterco liquido bovino, foi conduzido com 4 blocos e 4 doses (0,60,120,180). Obtenha: Análise exploratoria, Análise de variância, transformação via Box-Cox, teste de comparação multipla, regressão linear, e recomendações. * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo02E.txt|DBA Exe Dados]] === Delineamento Quadrado Latino === A análise de variância de um experimento conduzido no Delineamento em Quadrado Latino. O experimento é sobre produção de grãos de feijão (Kg/parcela) de diferentes variedades de feijão. (Zimmermann) Obtenha: Análise exploratoria, Análise de variância, teste de comparação multipla, e recomendações. * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo04.txt|DQL Exe Dados]] === Fatorial 2x3 em DIC === O experimento refere-se a um estudo de mudas de Eucalipto onde foi estudado o crescimento (cm) de duas espécies (E1 e E2) em três tipos de recipiente (R1, R2 e R3). O delineamento foi completamente casualizado com 4 repetições. extraido "Experimentação Agricola" Kronha & Banzatto pg 106. Obtenha: Análise exploratoria, Análise de variância, Desdodramento da Interação, teste de comparação multipla, e recomendações. * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo05.txt|Fatorial DIC Exe Dados]] === Fatorial 2x2x2 em DBA === O exemplo a seguir é de um delineamento em blocos completos casualizados com 6 repetições no esquema fatorial 2x2x2, no qual foi estudado o efeito da adubação mineral no cafeiro, com Nitrogênio (N), Fósforo (P) e Potássio(K), sendo cada contendo 2 níveis: 0 (ausência) e 1 (presença). Cada parcela era constituída por 12 covas no espaçamento 3,5 x 2,5, com uma área de 105 m², sendo que os dados obtidos foram transformados para kg/ha. Extraido "Experimentação Agricola" Kronha & Banzatto pg 112. * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo06.txt|Fatorial DBA Exe Dados]] === Parcela Sub-Dividida === No arquivo "exemplo07E.txt", estão os dados retirados do livro "Experimentação Agrícola" Kronha & Banzatto, este experimento foi conduzido em bloco ao acaso em parcela subdivididas, o tratamento principal foi adubos: - A1-Salitre do Chile - A2-Sulfato de amônio - A3-Uréia - A4-Calnitro Como tratamento secundario foi adotado 3 Doses: - D1- 10 kg de N/ha - D2- 40 kg de N/ha - D3- 70 kg de N/ha Estes tratamentos foram avaliados na cultura do milho, onde como variavel resposta foi mensurado a produtividade em kg/ha. Obtenha: ANOVA, desdobramento da ANOVA, testes de comparação multiplas e conclusões sobre o experimento. * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo07E.txt|Sub DBA Exe Dados]] === Experimento em faixas === O exemplo a seguir e retirados do livro "Experimentação Agrícola" Kronha & Banzatto pg 161, o experimento avaliou t/acre de beteraba submetida a 0,80,160 e 320 libras/acre de N e 5 épocas de plantio conduzidos em um experimento em faixas. * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo08.txt|Faixa DBA Exe Dados]] === Experimento em faixas2 === No arquivo "exemplo08E.txt" existem dados oriundos da produção de milho em kg/parcela em diferentes espaçamentos e diferentes densidades, sendo o experimento conduzido em faixas. Obtenha: ANOVA e as comparações multiplas caso for necessario. * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/exemplo08E.txt|Faixa2 DBA Exe Dados]] === Solução de alguns exercicios === * [[http://www.leg.ufpr.br/~eder/cursoR/Exercicios.R|Solução]] ===== Software e Pacotes ===== * [[http://www.r-project.org|Software R]] * [[http://tarwi.lamolina.edu.pe/~fmendiburu| agricolae ]] Implementa uma serie de funções interessantes em estatistíca experimental no R. * [[http://cran-r.c3sl.ufpr.br/|ScottKnott]] Executa o teste ScottKnott no R * [[http://cran-r.c3sl.ufpr.br/|nlme]] Pacote para análise de modelos mistos no R ===== Artigos e Teses Relacionadas ===== * [[http://www.stat.uconn.edu/~studentjournal/index_files/pengfi_s05.pdf|Box-Cox]] * [[http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-12032008-151057/|Uso do teste de Scott-Knott e da análise de agrupamentos]] * [[http://www.fcav.unesp.br/RME/fasciculos/v21/v21_n1/A4_LiviaBorges.pdf|PODER E TAXAS DE ERRO TIPO I DOS TESTES SCOTT-KNOTT, TUKEY E STUDENT-NEWMANKEULS, SOB DISTRIBUIÇÕES NORMAL E NÃO NORMAIS DOS RESÍDUOS]] * [[http://www.scielo.br/pdf/hb/v20n1/14408.pdf|Avaliação de procedimentos de comparações múltiplas em trabalhos publicados na revista Horticultura Brasileira de 1.983 a 2.000.]] * [[http://www.editora.ufla.br/revista/23_3/art24.pdf|AVALIAÇÃO DO PODER E TAXAS DE ERRO TIPO I DO TESTE DE SCOTT-KNOTT POR MEIO DO MÉTODO DE MONTE CARLO]] * [[http://www.scielo.br/pdf/cr/v33n4/16677.pdf|A precisão experimental relacionada ao uso de bordaduras nas extremidades das fileiras em ensaios de milho]] * [[http://www.deag.ufcg.edu.br/rbpa/rev102/Art1021.pdf|APLICAÇÃO DA METODOLOGIA DE SUPERFÍCIE DE RESPOSTA NO ESTUDO DA PRODUÇÃO DE PECTINASE POR FERMENTAÇÃO EM ESTADO SÓLIDO DO PEDÚNCULO DE CAJU]] * [[http://www.ot.ufc.br/portal01/index2.php?option=com_docman&task=doc_view&gid=117&Itemid=42| Análise de Superfície de Resposta na Produção de Biodiesel a partir dos Blends do Óleo de Mamona e Babaçu]] * [[http://www.cnpa.embrapa.br/produtos/algodao/publicacoes/cba7/VIICBA_anais/FSP_P.271%281271-1278%29.pdf|EMPREGO DE SUPERFÍCIE DE RESPOSTA NO ESTUDO DE ESPAÇAMENTO E DENSIDADE DE PLANTAS EM FILEIRAS DUPLAS E SIMPLES, EM CULTIVARES DE ALGODOEIRO]] ===== Organização e Promoção ===== Centro Academico de Agronomia Lycio Vellozo - UFPR ===== Apoio: ===== * [[http://www.leg.ufpr.br|LEG]]: Laboratório de Estatística e Geoinformação \\ * [[http://www.est.ufpr.br/lab/iniciolab.htm|LABEST]]: Laboratório de Estatística \\ * [[http://www.c3sl.ufpr.br|C3SL]]: Centro de Computação Científica e Software Livre \\ ===== Links ===== * [[http://wiki.r-project.org|Wiki do R]] * [[http://addictedtor.free.fr/graphiques|A galeria de gráficos do R]] é uma página que ilustra a diversidade de recursos gráficos do R * [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa|Material sobre o uso do R de Prof. Paulo Justiniano]] * [[http://www.dex.ufla.br/~danielff/apeco.pdf|Apostila]] Estatistíca Coputacional Utilizando R, Prof. Daniel Furtado Ferreira - UFLA * [[http://www.dex.ufla.br/~danielff/RRC0.pdf|Apostila]] Recursos Computacionais Utilizando R, Prof. Daniel Furtado Ferreira - UFLA * [[http://sourceforge.net/projects/tinn-r|Tinn-R]] GUI/Editor para o ambiente [[http://www.r-project.org/|R]] sob Windows. * O [[http://www.xemacs.org|Xemacs]] é uma outra opção de editor que facilita a edição de arquivos do \LaTeX e **R** e disponível para plataformas Linux e Windows e deve ser usado junto com o pacote [[http://ess.r-project.org|ESS (Emacs Speaks Statisitcs)]] * [[http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/|R_STAT]] é uma lista de discussão em português sobre o uso do R no //yahoo groups// * //Reference cards:// * Cartão de referência rápida de [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/refcard.pdf|Jonathan Baron]] * Cartão de referência rápida de [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf|Tom Short]] * [[http://www.polisci.ohio-state.edu/faculty/lkeele/3dinR.pdf|3-D Graphics in R]] ===== Localização ===== * **Local: ** LABEST - Laboratório de Estatística - Centro Politécnico - UFPR Localizado no centro do mapa abaixo -25.450474, -49.231846, [[http://www.est.ufpr.br/lab/iniciolab.htm|LABEST]]: Laboratório de Estatística \\